FindMoleculeSubstructure

FindMoleculeSubstructure[mol,patt]

求 mol 中原子索引和 mol 中出现的所有 patt 之间的映射.

FindMoleculeSubstructure[mol,patt,All]

找出 mol 中出现的所有 patt，并返回所有的映射.

FindMoleculeSubstructure[mol,patt,n]

给出最多 n 个映射.

更多信息和选项

  • FindMoleculeSubstructure 返回关联 Association[p1->m1,p2->m2,…] 列表，其中 pi 和 mi 分别为 patt 和 mol 里面的原子索引.
  • 默认情况下，会对子结构匹配进行剪除以去掉与同一组原子的多个匹配. 使用选项 Overlaps->True 可禁用此功能.

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (2)

找到分子中的苯环：

找出所有酒精官能团：

范围  (4)

用原子符号字符串作为模式：

在原子符号中指明电荷或质量数：

用 Atom 指定更广义的模式. 找出所有带电原子：

找出带正电的原子：

找出带负电的原子：

用 Bond 定义双键模式：

只找出含氮原子的双键：

找出含有带电原子的双键：

选项  (3)

IgnoreStereochemistry  (1)

默认情况下，立体异构体不匹配：

使用 IgnoreStereochemistryTrue 以获得正匹配：

IncludeHydrogens  (1)

默认情况下，除非模式包含明确的氢原子，否则将使用分子的隐氢图进行子结构匹配：

对于更复杂的模式，某些与氢原子的匹配会被忽略. 在下面的示例中，模式为碳原子与氢原子或氯原子结合，但只能找到 C-Cl 键：

使用选项 IncludeHydrogensTrue 以确保氢原子在模式匹配中被视为显式：

Overlaps  (1)

默认情况下，会对子结构匹配进行剪枝，以移除与同一组原子的多个匹配：

使用选项 OverlapsTrue 来查找模式和分子之间所有可能的匹配：

应用  (1)

编写一个可定位蛋白质 N-末端的氮和羰基碳的函数：

将函数应用于肽：

高亮二维图中的原子：

Wolfram Research (2019)，FindMoleculeSubstructure，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/FindMoleculeSubstructure.html.

文本

Wolfram Research (2019)，FindMoleculeSubstructure，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/FindMoleculeSubstructure.html.

CMS

Wolfram 语言. 2019. "FindMoleculeSubstructure." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/FindMoleculeSubstructure.html.

APA

Wolfram 语言. (2019). FindMoleculeSubstructure. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/FindMoleculeSubstructure.html 年

BibTeX

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