GenomeData

GenomeData["gene"]

ヒトゲノムを参照する指定された遺伝子のDNA配列を返す．

GenomeData["gene","property"]

ヒトの遺伝子 gene の指定された特性の値を返す．

GenomeData[{"chr",{n1,n2}}]

ヒトゲノムを参照した染色体 chr 上の位置 n1 から位置 n2までの配列を与える．

詳細

  • 遺伝子は"BRCA1"のような標準的な名前で指定される．
  • GenomeData[]はヒト遺伝子のリストを与える．
  • ヒト染色体は"Chromosome1"，"ChromosomeX"，"Mitochondrion"等として，あるいは1から22までの整数と"X"，"Y"，"MT"で指定される．
  • GenomeData[{{"chr",+1},{n1,n2}}]は標準的な染色体 chr 上の位置 n1から n2までの5'から3'の配列を与える．
  • GenomeData[{{"chr",-1},{m1,m2}}]は標準的な染色体 chr 上の位置 m1から m2までの5'から3'の配列を与える．配列の位置は底のストランドの5'末端に対して相対的に測られる．
  • 遺伝子配列特性
  • "FullSequence"遺伝子の完全配列
    "FullSequencePosition"遺伝子の開始位置と終了位置
    "SequenceLength"塩基対にある遺伝子の長さ
  • 遺伝子の位置特性
  • "Chromosome"遺伝子が位置する染色体
    "LocusList"遺伝子の遺伝子座をリストとして
    "LocusString"遺伝子の遺伝子座を配列で
    "Orientation"前方 (5'から3') または逆方向(3'から5')，+1あるいは-1
  • タンパク質および転写特性
  • "CodingSequenceLists"遺伝子のコード化配列のリスト
    "CodingSequencePositions"各コード化配列の範囲位置のリスト
    "CodingSequences"遺伝子の連結されたコード化配列
    "ExonSequences"遺伝子のエクソン配列のリスト
    "IntronSequences"遺伝子のイントロンの配列のリスト
    "ProteinNames"遺伝子によってコード化されたタンパク質の名前
    "UTRSequences"遺伝子の変換されていない末端領域の配列のリスト
  • 機能特性
  • "BiologicalProcesses"遺伝子産物の生物学的過程
    "CellularComponents"遺伝子産物が見付かる細胞成分
    "InteractingGenes"遺伝子あるいはその産物とインタラクトしている遺伝子
    "MolecularFunctions"遺伝子産物の細胞機能
  • 遺伝子識別特性
  • "AlternateNames"一般的な同意語
    "GenBankIndices"GenBank識別番号配列
    "GeneID"GeneID番号配列
    "GeneOntologyIDs"遺伝子オントロジーID配列
    "MIMNumbers"MIM番号におけるメンデル遺伝
    "Name"一般的な英語名
    "NCBIAccessions"NCBI登録配列
    "ProteinGenBankIndices"タンパク製品のGenBank識別配列番号
    "ProteinNCBIAccessions"タンパク製品のNCBI登録配列
    "UnitsStandardName"標準Wolfram言語名
    "TranscriptGenBankIndices"RNA製品のGenBank識別配列番号
    "TranscriptNCBIAccessions"RNA製品のNCBI登録配列
    "UniProtAccessions"UniProt登録配列
  • 染色体の全体的な特性
  • "SequenceLength"塩基対内の染色体の長さ
    "UnsequencedPositions"配列が未知である位置の始まりと終り
  • 染色体のバンドのリストに関連する特性
  • "GBandLocusStrings"Gバンドの遺伝子座の名前
    "GBandScaledPositions"すべてのGバンドのスケールされた始まりと終りの位置
    "GBandStainingCodes"すべてのGバンドの細胞遺伝学的染色コード
    "GBandStainingLevels"すべてのGバンドの相対的染色レベル
  • GenomeData[gene,"prop","ann"]は特性に関連する多くの注釈を与える．次はよく使われる注釈である．
  • "Name"一般的な英語名
    "UnitsStandardName"標準Wolfram言語名
    "Units"値が与えられる単位

例題

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例  (5)

ヒトゲノムの完全なDNA配列を得る：

染色体の一部のDNA配列を得る：

染色体上の遺伝子のリストを得る：

染色体の遺伝子がある部分のWolfram言語における標準名を得る：

遺伝子の染色体位置を求める：

スコープ  (9)

名前とクラス  (5)

遺伝子名のリストを得る：

遺伝子の英語名を求める：

遺伝子のクラスのリストを得る：

シグナル変換に関わる遺伝子のリストを得る：

遺伝子が属するクラスのリストを得る：

遺伝子があるクラスに属するかどうか判定する：

遺伝子と染色体配列  (4)

遺伝子のDNA配列を得る：

遺伝子の染色体上の位置を得る：

遺伝子がある染色体のWolfram言語における標準名を得る：

染色体上の遺伝子の向きを求める：

ボトム鎖上の染色体の部分のDNA配列を求める：

遺伝子のコード配列の位置を求める：

アプリケーション  (4)

ヒト染色体の長さの分布の対数プロットを作る：

ヒトの22番染色体の遺伝子の長さの対数階数プロットを作る：

平均的なコード配列の長さ対遺伝子の長さをプロットする：

遺伝子を画像として可視化する：

12番染色体の最初の20個の遺伝子を示す：

特性と関係  (2)

染色体1のトップ鎖から配列を得る：

ボトム鎖から相補的な配列を得る：

ボトム鎖がトップ鎖と相補的であることを示す：

GenomeDataを使い，GenomeLookupによって求まった配列を抽出する：

おもしろい例題  (1)

ヒト染色体の中で最も短いもの5つを求める：

Wolfram Research (2008), GenomeData, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/GenomeData.html.

テキスト

Wolfram Research (2008), GenomeData, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/GenomeData.html.

CMS

Wolfram Language. 2008. "GenomeData." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/GenomeData.html.

APA

Wolfram Language. (2008). GenomeData. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/GenomeData.html

BibTeX

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BibLaTeX

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