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"ChemSpider" (サービス接続)

"ChemSpider" (サービス接続)

Wolfram言語を使ってChemSpider APIと接続し，化学物質やその特性についての大規模データのクエリを行う．

接続と認証

ServiceConnect["ChemSpider"]はChemSpider APIへの接続を行う．以前保存した接続が見付かった場合は，それが使われる．見付からなかった場合は新たな認証リクエストが行われる．

リクエスト

ServiceExecute["ChemSpider","request",params]は，パラメータ params を使ってChemSpider APIにリクエストを送る．以下は可能なリクエストである．

化合物の検索

"Search" — 化学指標（名前，SMILES，InChI，あるいはInChIKey），分子式あるいは質量で検索する

パラメータ（指標で検索）：
  • "Query"（必須）検索クエリ
    "SortBy"Noneフィールドのソート順
    "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返される要素数
    • パラメータ（式で検索）：
  • "Formula"（必須）検索する式
    "Databases"（必須）使用するデータベースのリスト
    "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返される要素数
    • パラメータ（質量で検索）：
  • "Mass"（必須）検索する質量値
    "Range"（必須）検索に使用する質量の範囲
    "Databases"（必須）使用するデータベースのリスト
    "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返される要素数

    • 化合物情報

    "CompoundInformation" — IDから記録の詳細（CSID，StdInChIKey，StdInChI，SMILES）を得る

    パラメータ：
  • "ID"（必須）ChemSpider ID
    "Fields"All返すフィールドのリスト

    • 化合物のサムネイル

    "CompoundThumbnail" — 化合物の画像を得る

    パラメータ：
  • "ID"（必須）ChemSpider ID

    • 対応する化学識別子を求める

    "Convert" — 識別子タイプ間で変換する

    パラメータ：
  • "Query"（必須）検索クエリ
    "InputFormat"（必須）入力形式
    "OutputFormat"（必須）出力形式

    • データソースのリスト

    "Databases" — ChemSpiderで使われるデータソースのリストを得る

    InChIKeyの認証

    "InChIKeyQ" — 指定された引数が有効なInChIKeyかどうかをチェックする

    パラメータ：
  • "InChIKey"（必須）認証するInChIKey列

    • 複合分子

    "CompoundMOL" — 複合体の分子を得る

    パラメータ：
  • "ID"（必須）ChemSpider ID

    • パラメータの詳細

    リクエスト"Search" 内の"Query"の可能な形式：
  • string単純な文字列
    {"InChI",string}InChI
    {"InChIKey",string}InChIキー
    {"Name",string}複合名
    {"SMILES",string}SMILES文字列
    • リクエスト"Search"内の"SortBy"の可能な値：
  • "ID"識別子
    "MolecularWeight"分子量
    "ReferenceCount"参照数
    "DataSourceCount"データソース数
    "PubMedCount"PubMed数
    "RSCCount"RSC数
    • リクエスト"CompoundInformation"の可能なフィールド：
  • "AverageMass"平均質量
    "CommonName"一般名
    "DataSourceCount"データソースの数
    "Formula"式
    "InChI"InChI
    "InChIKey"InChIキー
    "MOL2D"2D MDL MOLファイル
    "MOL3D"3D MDL MOLファイル
    "MolecularWeight"分子量
    "MonoisotopicMass"モノアイソトピック質量
    "NominalMass"形式質量
    "PubMedCount"PubMed数
    "ReferenceCount"参照数
    "RSCCount"RSC数
    "SMILES"SMILES文字列
    "StdInChI"標準InChI
    "StdInChIKey"標準InChIキー
    • リクエスト"Convert"でサポートされる入力形式：
  • "InChI"InChI
    "InChIKey"InChIキー
    "SMILES"SMILES文字列
    • リクエスト"Convert"でサポートされる出力形式：
  • "InChI"InChI
    "InChIKey"InChIキー
    "MOL"MDL MOLファイル
    "SMILES"SMILES文字列

    • 例題

    すべて開く すべて閉じる

    例  (5)

    ChemSpiderへの新しい接続を作成する：

    Wolfram Language code: cs = ServiceConnect["ChemSpider"]

    使用可能なデータベースのサンプルを得る：

    Wolfram Language code: RandomSample[cs["Databases"], 10]

    名前またはキーワードで構造を検索する：

    Wolfram Language code: ServiceExecute["ChemSpider", "Search", <|"Query" -> "phenol"|>]

    InChIで複合IDを検索する：

    Wolfram Language code: ServiceExecute["ChemSpider", "Search", <|"Query" -> {"InChI", "InChI=1/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3"}|>]

    SMILESで複合IDを検索する：

    Wolfram Language code: ServiceExecute["ChemSpider", "Search", <|"Query" -> {"SMILES", "[Li+].[N-]=C=C"}|>]

    指定された範囲の分子量で化合物を検索する：

    Wolfram Language code: ServiceExecute["ChemSpider", "Search", <|"Formula" -> "C6H8", "Databases" -> {"BioCyc", "ChemBank", "SORD", "Wikipedia", "Wolfram|AlphaTM"}, MaxItems -> 10|>]

    スコープ  (7)

    分子量が与えられた範囲内の化合物を求める：

    Wolfram Language code: ServiceExecute["ChemSpider", "Search", <|"Mass" -> 48, "Range" -> 2, "Databases" -> {"BioCyc", "ChemBank", "SORD", "Wikipedia", "Wolfram|AlphaTM"}, MaxItems -> 5|>]

    この化合物についての完全な情報を得る：

    Wolfram Language code: ServiceExecute["ChemSpider", "CompoundInformation", <|"ID" -> 9095684|>]

    この化合物の情報について特定のフィールドを得る：

    Wolfram Language code: ServiceExecute["ChemSpider", "CompoundInformation", <|"ID" -> 9095684, "Fields" -> {"AverageMass", "InChI", "SMILES", "Mol2D"}|>]

    この化合物の画像を得る：

    Wolfram Language code: ServiceExecute["ChemSpider", "CompoundThumbnail", <|"ID" -> 70659|>]

    InChIからSMILESに変換する：

    Wolfram Language code: ServiceExecute["ChemSpider", "Convert", <|"Query" -> "InChI=1/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3", "InputFormat" -> "InChI", "OutputFormat" -> "SMILES"|>]

    与えられたInChIコードについて，対応するMOLファイルを得る：

    Wolfram Language code: mol = ServiceExecute["ChemSpider", "Convert", <|"Query" -> "InChI=1S/C6H3BrClF/c7-4-1-5(8)3-6(9)2-4/h1-3H", "InputFormat" -> "InChI", "OutputFormat" -> "MOL"|>]

    InChIKeyが有効かどうかチェックする：

    Wolfram Language code: ServiceExecute["ChemSpider", "InChIKeyQ", <|"InChIKey" -> "LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYNA-N"|>]

    おもしろい例題  (1)

    ChemSpiderへの新たな接続を確立する：

    Wolfram Language code: cs = ServiceConnect["ChemSpider"]

    化合物の分子を取得する：

    Wolfram Language code: id = First@Lookup[Normal@cs["Search", <|"Query" -> {"InChI", "InChI=1S/C6H3BrClF/c7-4-1-5(8)3-6(9)2-4/h1-3H"}|>], "ID"]
    Wolfram Language code: molecule = First[cs["CompoundMOL", <|"ID" -> id|>]]

    この分子の2Dプロットおよび3Dプロットを取得する：

    Wolfram Language code: Grid[{{"Molecule 2D", MoleculePlot[molecule]}, {"Molecule 3D", MoleculePlot3D[molecule]}}]