"ChemSpider" (サービス接続)

Wolfram言語を使ってChemSpider APIと接続し,化学物質やその特性についての大規模データのクエリを行う.

接続と認証

ServiceConnect["ChemSpider"]はChemSpider APIへの接続を行う.以前保存した接続が見付かった場合は,それが使われる.見付からなかった場合は新たな認証リクエストが行われる.

リクエスト

ServiceExecute["ChemSpider","request",params]は,パラメータ params を使ってChemSpider APIにリクエストを送る.以下は可能なリクエストである.

化合物の検索

リクエスト:

"Search" 化学指標(名前,SMILES,InChI,あるいはInChIKey),分子式あるいは質量で検索する

パラメータ(指標で検索):
  • "Query"(必須)検索クエリ
    "SortBy"Noneフィールドのソート順
    "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返される要素数
  • パラメータ(式で検索):
  • "Formula"(必須)検索する式
    "Databases"(必須)使用するデータベースのリスト
    "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返される要素数
  • パラメータ(質量で検索):
  • "Mass"(必須)検索する質量値
    "Range"(必須)検索に使用する質量の範囲
    "Databases"(必須)使用するデータベースのリスト
    "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返される要素数
  • 化合物情報

    リクエスト:

    "CompoundInformation" IDから記録の詳細(CSID,StdInChIKey,StdInChI,SMILES)を得る

    パラメータ:
  • "ID"(必須)ChemSpider ID
    "Fields"All返すフィールドのリスト
  • 化合物のサムネイル

    リクエスト:

    "CompoundThumbnail" 化合物の画像を得る

    パラメータ:
  • "ID"(必須)ChemSpider ID
  • 対応する化学識別子を求める

    リクエスト:

    "Convert" 識別子タイプ間で変換する

    パラメータ:
  • "Query"(必須)検索クエリ
    "InputFormat"(必須)入力形式
    "OutputFormat"(必須)出力形式
  • データソースのリスト

    リクエスト:

    "Databases" ChemSpiderで使われるデータソースのリストを得る

    InChIKeyの認証

    リクエスト:

    "InChIKeyQ" 指定された引数が有効なInChIKeyかどうかをチェックする

    パラメータ:
  • "InChIKey"(必須)認証するInChIKey列
  • 複合分子

    リクエスト:

    "CompoundMOL" 複合体の分子を得る

    パラメータ:
  • "ID"(必須)ChemSpider ID
  • パラメータの詳細

    リクエスト"Search" 内の"Query"の可能な形式:
  • string単純な文字列
    {"InChI",string}InChI
    {"InChIKey",string}InChIキー
    {"Name",string}複合名
    {"SMILES",string}SMILES文字列
  • リクエスト"Search"内の"SortBy"の可能な値:
  • "ID"識別子
    "MolecularWeight"分子量
    "ReferenceCount"参照数
    "DataSourceCount"データソース数
    "PubMedCount"PubMed数
    "RSCCount"RSC数
  • リクエスト"CompoundInformation"の可能なフィールド:
  • "AverageMass"平均質量
    "CommonName"一般名
    "DataSourceCount"データソースの数
    "Formula"
    "InChI"InChI
    "InChIKey"InChIキー
    "MOL2D"2D MDL MOLファイル
    "MOL3D"3D MDL MOLファイル
    "MolecularWeight"分子量
    "MonoisotopicMass"モノアイソトピック質量
    "NominalMass"形式質量
    "PubMedCount"PubMed数
    "ReferenceCount"参照数
    "RSCCount"RSC数
    "SMILES"SMILES文字列
    "StdInChI"標準InChI
    "StdInChIKey"標準InChIキー
  • リクエスト"Convert"でサポートされる入力形式:
  • "InChI"InChI
    "InChIKey"InChIキー
    "SMILES"SMILES文字列
  • リクエスト"Convert"でサポートされる出力形式:
  • "InChI"InChI
    "InChIKey"InChIキー
    "MOL"MDL MOLファイル
    "SMILES"SMILES文字列
  • 例題

      (1)

    認証のダイアログを起動して,新しい接続を作成する:

    使用可能なデータベースのサンプルを得る:

    名前またはキーワードで構造を検索する:

    InChIで複合IDを検索する:

    SMILESで複合IDを検索する:

    指定された範囲の分子量で化合物を検索する:

    分子量が与えられた範囲内の化合物を求める:

    この化合物についての完全な情報を得る:

    この化合物の情報について特定のフィールドを得る:

    この化合物の画像を得る:

    InChIからSMILESに変換する:

    与えられたInChIコードについて,対応するMOLファイルを得る:

    InChIKeyが有効かどうかチェックする:

    化合物の分子を得る:

    分子の2Dおよび3Dのプロットを得る: