"PubChem" (サービス接続)
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関連項目
- 関数
- ServiceExecute
- ServiceConnect
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- サービス接続
- ChemSpider
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関連項目
- 関数
- ServiceExecute
- ServiceConnect
-
- サービス接続
- ChemSpider
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関連項目
"PubChem" (サービス接続)
接続と認証
ServiceConnect["PubChem"]はPubChem APIとの接続を確立する．以前に保存された接続が見付かった場合には，それが使用される．それ以外の場合には，新しい認証リクエストが起動される．
リクエスト
化合物名
"CompoundDescription" — 1つまたは複数の化合物の一般的な名前を得る
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 | |
| "Formula" | None | 分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効） | |
| Method | None | 検索メソッド | |
| "InterpretEntities" | False | 各結果を化学Entityとして解釈する |
"CompoundSynonyms" — 1つまたは複数の化合物の別名を得る
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 | |
| "Formula" | None | 分子式 （"FormulaSearch" Methodのみで有効） | |
| Method | None | 検索メソッド |
化合物関連IDのリスト
"CompoundSID" — 1つまたは複数の化合物に関連付けられたSubstanceIDのリストを得る
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 | |
| "Formula" | None | 分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効） | |
| "SIDType" | None | "SubstanceID"タイプを返す | |
| Method | None | 検索メソッド |
"CompoundAID" — 1つまたは複数の化合物に関連付けられた全AssayIDのリストを得る
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 | |
| "Formula" | None | 分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効） | |
| "AIDType" | None | "AssayID"タイプを返す | |
| Method | None | 検索メソッド |
"CompoundCID" — 1つまたは複数の化合物に関連付けられた全CompoundIDのリストを得る
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 | |
| "Formula" | None | 分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効） | |
| "CIDType" | None | "CompoundID"タイプを返す | |
| Method | None | 検索メソッド |
化合物の特性リスト
"CompoundProperties" — 1つまたは複数の化合物に関連付けられた特性を返す
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 | |
| "Formula" | None | 分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効） | |
| "Property" | None | List中の1つまたは複数の特性 | |
| Method | None | 検索メソッド |
化合物の相互参照のリスト
"CompoundCrossReferences" — 1つまたは複数の化合物に関連付けられた相互参照を返す
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 | |
| "Formula" | None | 分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効） | |
| "CrossReference" | None | List中の1つまたは複数の相互参照 | |
| Method | None | 検索メソッド |
複合画像
"CompoundImage" — 単一の化合物の2Dまたは3Dの画像を得る
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 | |
| "ImageType" | "2D" | "2D"または"3D" | |
| "ImageSize" | Large | SmallまたはLarge |
化合物SDF
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 |
すべての化合物の記録
"CompoundFullRecords" — 1つまたは複数の化合物の全記録を得る
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 | |
| "Formula" | None | 分子式（"FormulaSearch"Methodのみで有効） | |
| "RecordType" | "2D" | "2D"または"3D" | |
| Method | None | 検索メソッド |
化合物の分析サマリー
"CompoundAssaySummary" — 1つまたは複数の化合物の分析サマリーを得る
| "CompoundID" | None | 整数化学識別子 | |
| "SMILES" | None | SMILES文字列 | |
| "Name" | None | 化合物名または化学成分 | |
| "InChI" | None | InChI化学識別子 | |
| "InChIKey" | None | IInChIKey化学識別子 | |
| "Formula" | None | 分子式（"FormulaSearch"Methodのみで有効） | |
| Method | None | 検索メソッド |
物質の別名
"SubstanceSynonyms" — 1つまたは複数の物質の別名を得る
| "SubstanceID" | None | 整数物質識別子 | |
| "Name" | None | 物質名または化学成分 |
物質関連IDのリスト
"SubstanceCID" — 1つまたは複数の物質に関連付けられた全CompoundIDのリストを得る
| "SubstanceID" | None | 整数物質識別子 | |
| "Name" | None | 物質名または化学成分 | |
| "CIDType" | None | "CompoundID"タイプを返す |
"SubstanceAID" — 1つまたは複数の物質に関連付けられた全AssayIDのリストを得る
| "SubstanceID" | None | 整数物質識別子 | |
| "Name" | None | 物質名または化学成分 | |
| "AIDType" | None | "AssayID"タイプを返す |
"SubstanceSID" — 1つまたは複数の物質に関連付けられた全SubstanceIDのリストを得る
| "SubstanceID" | None | 整数物質識別子 | |
| "Name" | None | 物質名または化学成分 | |
| "SIDType" | None | "SubstanceID"タイプを返す |
物質の画像
"SubstanceImage" — 物質の2Dまたは3Dの画像を得る
| "SubstanceID" | None | 整数物質識別子 | |
| "Name" | None | 物質名または化学成分 | |
| "ImageSize" | Large | SmallまたはLarge |
物質の SDF
"SubstanceSDF" — 単一の物質のSDFを得る．
| "SubstanceID" | None | 整数物質識別子 | |
| "Name" | None | 物質名または化学成分 |
物質の全記録
"SubstanceFullRecords" — 1つまたは複数の物質の全記録を得る
| "SubstanceID" | None | 整数物質識別子 | |
| "Name" | None | 物質名または化学成分 |
物質の相互参照のリスト
"SubstanceCrossReferences" — 1つまたは複数の物質に関連付けられた相互参照を返す
| "SubstanceID" | None | 整数物質識別子 | |
| "Name" | None | 物質名または化学成分 | |
| "CrossReference" | None | List中の1つまたは複数の相互参照 |
物質の分析サマリー
"SubstanceAssaySummary" — 1つまたは複数の物質の分析サマリーを返す
| "SubstanceID" | None | 整数物質識別子 | |
| "Name" | None | 物質名または化学成分 |
パラメータの詳細
Methodの可能な値：
| "Similarity2DSearch" | 2D類似度で検索 | |
| "Similarity3DSearch" | 3D類似度で検索 | |
| "SubstructureSearch" | 構造で検索 | |
| "SuperstructureSearch" | 上部構造で検索 | |
| "FormulaSearch" | 式で検索 |
| "MatchIsotopes" | 原子が指定された同位体でなければならないかどうか | |
| "MatchCharges" | 原子が指定された電荷にマッチしなければならないかどうか | |
| "MatchTautomers" | 指定された構造の互換異性体とのマッチを許すかどうか | |
| "RingsNotEmbedded" | 大きいシステム環を埋め込むべきではないかどうか | |
| "SingleDoubleBondsMatch" | 単結合あるいは二重結合が芳香環にマッチするかどうか | |
| "ChainsMatchRings" | クエリ中の鎖連結がヒットの環とマッチするかどうか | |
| "StripHydrogen" | 検索の前に明示的な水素を削除するかどうか | |
| "Stereo" | 立体化構造撮影の扱い方．"Ignore"，"Exact"，"Relative"，"Nonconflicting"のいずれか |
| "Threshold" | ヒットのための最小谷本スコア |
| "AllowOtherElements" | 指定されたもの以外の要素があってもよいかどうか |
| All | すべて | |
| "Standardized" | 標準化された | |
| "Component" | 成分 |
| All | すべて | |
| "Active" | アクティブ | |
| "Inactive" | 非アクティブ |
| "Original" | オリジナル | |
| "Parent" | 親 | |
| "Component" | 成分 | |
| "Similar2D" | 2D類似度 | |
| "Similar3D" | 3D類似度 | |
| "SameStereo" | 同じ立体化構造 | |
| "SameIsotopes" | 同じ同位体 | |
| "SameConnectivity" | 同じ連結性 | |
| "SameTautomer" | 同じ互換異性体 | |
| "SameParent" | 同じ親 | |
| "SameParentStereo" | 同じ親立体化構造 | |
| "SameParentIsotopes" | 同じ親同位体 | |
| "SameParentConnectivity" | 同じ親連結性 | |
| "SameParentTautomer" | 同じ親互換異性体 |
| "MolecularFormula" | 分子式 | |
| "MolecularWeight" | 分子量 | |
| "SMILES" | SMILES文字列 | |
| "ConnectivitySMILES" | 立体情報や同位体情報を含まないSMILES文字列 | |
| "InChI" | 標準InChI | |
| "InChIKey" | InChIキー | |
| "IUPACName" | IUPAC名 | |
| "XLogP" | XLogP | |
| "ExactMass" | 厳密な質量 | |
| "MonoisotopicMass" | モノアイソトピック質量 | |
| "TPSA" | 位相的極性表面積 | |
| "Complexity" | 複雑性 | |
| "Charge" | 電荷 | |
| "HBondDonorCount" | 水素結合供与体数 | |
| "HBondAcceptorCount" | 水素結合受容体数 | |
| "RotatableBondCount" | 回転可能結合数 | |
| "HeavyAtomCount" | 非水素原子の数 | |
| "IsotopeAtomCount" | 濃縮同位元素のある原子の数 | |
| "AtomStereoCount" | 四面体 (sp3)立体を持つ原子の総数 | |
| "DefinedAtomStereoCount" | 定義された原子の立体数 | |
| "UndefinedAtomStereoCount" | 未定義の原子の立体数 | |
| "BondStereoCount" | 平面(sp2)立体の総結合数 | |
| "DefinedBondStereoCount" | 定義された結合立体化構造数 | |
| "UndefinedBondStereoCount" | 未定義の結合立体化構造数 | |
| "CovalentUnitCount" | 共有結合性単位数 | |
| "Volume3D" | 3D立体 | |
| "XStericQuadrupole3D" | 3DのX立体四重極 | |
| "YStericQuadrupole3D" | 3DのY立体四重極 | |
| "ZStericQuadrupole3D" | 3DのZ立体四重極 | |
| "FeatureCount3D" | 3D機能の総数 | |
| "FeatureAcceptorCount3D" | 受容体の3D機能数 | |
| "FeatureDonorCount3D" | 供与体の3D機能数 | |
| "FeatureAnionCount3D" | 陰イオンの3D機能数 | |
| "FeatureCationCount3D" | 陽イオンの3D機能数 | |
| "FeatureRingCount3D" | 環の3D機能数 | |
| "FeatureHydrophobeCount3D" | 疎水性物質の3D機能数 | |
| "ConformerModelRMSD3D" | 3Dモデルにおける全配座異性体のRMSD | |
| "EffectiveRotorCount3D" | 有効なローター数 | |
| "ConformerCount3D" | 3Dモデルにおける配座異性体数 | |
| "Fingerprint2D" | 2D指紋ビット（Base64エンコード） |
| "RegistryID" | 外部レジストリ識別子 | |
| "RN" | レジストリ数 | |
| "PubMedID" | NCBI PubMed識別子 | |
| "MMDBID" | NCBI MMDB識別子 | |
| "DBURL" | 外部データベースホームページURL | |
| "SBURL" | 外部データベース実体URL | |
| "ProteinGI" | NCBIタンパク質GI | |
| "NucleotideGI" | NCBIヌクレオチドGI | |
| "TaxonomyID" | NCBI分類法識別子 | |
| "MIMID" | NCBI MIM識別子 | |
| "GeneID" | NCBI遺伝子識別子 | |
| "ProbeID" | NCBI調査識別子 | |
| "PatentID" | 特許識別子 | |
| "SourceName" | 外部預託者名 | |
| "SourceCategory" | 預託者のカテゴリ |
| All | すべて | |
| "Standardized" | 標準化された | |
| "Component" | 成分 |
| All | すべて | |
| "Active" | アクティブ | |
| "Inactive" | 非アクティブ |
| "Original" | オリジナル | |
| "SameExact" | 厳密 | |
| "SameStereo" | 同じ立体化構造 | |
| "SameIsotopes" | 同じ同位体 | |
| "SameConnectivity" | 同じ連結性 | |
| "SameTautomer" | 同じ互換異性体 | |
| "SameParent" | 同じ親 | |
| "SameParentStereo" | 同じ親立体化構造 | |
| "SameParentIsotopes" | 同じ親同位体 | |
| "SameParentConnectivity" | 同じ親連結性 | |
| "SameParentTautomer" | 同じ親互換異性体 |