"PubChem" (サービス接続)

Wolfram言語を使ってPubChem APIに接続し， 化学分子とその特性についての情報を入手する．

接続と認証

ServiceConnect["PubChem"]はPubChem APIとの接続を確立する．以前に保存された接続が見付かった場合には，それが使用される．それ以外の場合には，新しい認証リクエストが起動される．

リクエスト

ServiceExecute["PubChem","request",params]は，params を使ってPubChem APIにリクエストを送る．次は可能なリクエストである．

化合物名

リクエスト：

"CompoundDescription" — 1つまたは複数の化合物の一般的な名前を得る

パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子
    "Formula"None分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効）
    MethodNone検索メソッド
    "InterpretEntities"False各結果を化学Entityとして解釈する
    • リクエスト：

    "CompoundSynonyms" — 1つまたは複数の化合物の別名を得る

    パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子
    "Formula"None分子式 （"FormulaSearch" Methodのみで有効）
    MethodNone検索メソッド

    • 化合物関連IDのリスト

    リクエスト：

    "CompoundSID" — 1つまたは複数の化合物に関連付けられたSubstanceIDのリストを得る

    パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子
    "Formula"None分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効）
    "SIDType"None"SubstanceID"タイプを返す
    MethodNone検索メソッド
    • リクエスト：

    "CompoundAID" — 1つまたは複数の化合物に関連付けられた全AssayIDのリストを得る

    パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子
    "Formula"None分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効）
    "AIDType"None"AssayID"タイプを返す
    MethodNone検索メソッド
    • リクエスト：

    "CompoundCID" — 1つまたは複数の化合物に関連付けられた全CompoundIDのリストを得る

    パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子
    "Formula"None分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効）
    "CIDType"None"CompoundID"タイプを返す
    MethodNone検索メソッド

    • 化合物の特性リスト

    リクエスト：

    "CompoundProperties" — 1つまたは複数の化合物に関連付けられた特性を返す

    パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子
    "Formula"None分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効）
    "Property"NoneList中の1つまたは複数の特性
    MethodNone検索メソッド

    • 化合物の相互参照のリスト

    リクエスト：

    "CompoundCrossReferences" — 1つまたは複数の化合物に関連付けられた相互参照を返す

    パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子
    "Formula"None分子式（"FormulaSearch" Methodのみで有効）
    "CrossReference"NoneList中の1つまたは複数の相互参照
    MethodNone検索メソッド

    • 複合画像

    リクエスト：

    "CompoundImage" — 単一の化合物の2Dまたは3Dの画像を得る

    パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子
    "ImageType""2D""2D"または"3D"
    "ImageSize"LargeSmallまたはLarge

    • 化合物SDF

    リクエスト：

    "CompoundSDF" — 単一の化合物のSDFを得る

    パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子

    • 識別子の1タイプしか入力には使えない．

    すべての化合物の記録

    リクエスト：

    "CompoundFullRecords" — 1つまたは複数の化合物の全記録を得る

    パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子
    "Formula"None分子式（"FormulaSearch"Methodのみで有効）
    "RecordType""2D""2D"または"3D"
    MethodNone検索メソッド

    • 化合物の分析サマリー

    リクエスト：

    "CompoundAssaySummary" — 1つまたは複数の化合物の分析サマリーを得る

    パラメータ：
  • "CompoundID"None整数化学識別子
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "Name"None化合物名または化学成分
    "InChI"NoneInChI化学識別子
    "InChIKey"NoneIInChIKey化学識別子
    "Formula"None分子式（"FormulaSearch"Methodのみで有効）
    MethodNone検索メソッド

    • 物質の別名

    リクエスト：

    "SubstanceSynonyms" — 1つまたは複数の物質の別名を得る

    パラメータ：
  • "SubstanceID"None整数物質識別子
    "Name"None物質名または化学成分

    • 物質関連IDのリスト

    リクエスト：

    "SubstanceCID" — 1つまたは複数の物質に関連付けられた全CompoundIDのリストを得る

    パラメータ：
  • "SubstanceID"None整数物質識別子
    "Name"None物質名または化学成分
    "CIDType"None"CompoundID"タイプを返す
    • リクエスト：

    "SubstanceAID" — 1つまたは複数の物質に関連付けられた全AssayIDのリストを得る

    パラメータ：
  • "SubstanceID"None整数物質識別子
    "Name"None物質名または化学成分
    "AIDType"None"AssayID"タイプを返す
    • リクエスト：

    "SubstanceSID" — 1つまたは複数の物質に関連付けられた全SubstanceIDのリストを得る

    パラメータ：
  • "SubstanceID"None整数物質識別子
    "Name"None物質名または化学成分
    "SIDType"None"SubstanceID"タイプを返す

    • 物質の画像

    リクエスト：

    "SubstanceImage" — 物質の2Dまたは3Dの画像を得る

    パラメータ：
  • "SubstanceID"None整数物質識別子
    "Name"None物質名または化学成分
    "ImageSize"LargeSmallまたはLarge

    • 識別子の1タイプしか入力には使えない．

    物質の SDF

    リクエスト：

    "SubstanceSDF" — 単一の物質のSDFを得る．

    パラメータ：
  • "SubstanceID"None整数物質識別子
    "Name"None物質名または化学成分

    • 識別子の1タイプしか入力には使えない．

    物質の全記録

    リクエスト：

    "SubstanceFullRecords" — 1つまたは複数の物質の全記録を得る

    パラメータ：
  • "SubstanceID"None整数物質識別子
    "Name"None物質名または化学成分

    • 物質の相互参照のリスト

    リクエスト：

    "SubstanceCrossReferences" — 1つまたは複数の物質に関連付けられた相互参照を返す

    パラメータ：
  • "SubstanceID"None整数物質識別子
    "Name"None物質名または化学成分
    "CrossReference"NoneList中の1つまたは複数の相互参照

    • 物質の分析サマリー

    リクエスト：

    "SubstanceAssaySummary" — 1つまたは複数の物質の分析サマリーを返す

    パラメータ：
  • "SubstanceID"None整数物質識別子
    "Name"None物質名または化学成分

    • パラメータの詳細

    Methodの可能な値：
  • "Similarity2DSearch"2D類似度で検索
    "Similarity3DSearch"3D類似度で検索
    "SubstructureSearch"構造で検索
    "SuperstructureSearch"上部構造で検索
    "FormulaSearch"式で検索
    • "SubstructureSearch"あるいは"SuperstructureSearch"をMethodとして使う場合に使用可能な検索パラメータ：
  • "MatchIsotopes"原子が指定された同位体でなければならないかどうか
    "MatchCharges"原子が指定された電荷にマッチしなければならないかどうか
    "MatchTautomers"指定された構造の互換異性体とのマッチを許すかどうか
    "RingsNotEmbedded"大きいシステム環を埋め込むべきではないかどうか
    "SingleDoubleBondsMatch"単結合あるいは二重結合が芳香環にマッチするかどうか
    "ChainsMatchRings"クエリ中の鎖連結がヒットの環とマッチするかどうか
    "StripHydrogen"検索の前に明示的な水素を削除するかどうか
    "Stereo"立体化構造撮影の扱い方．"Ignore"，"Exact"，"Relative"，"Nonconflicting"のいずれか
    • "Similarity2DSearch"あるいは"Similarity3DSearch"をMethodとして使う場合に使用可能な検索パラメータ：
  • "Threshold"ヒットのための最小谷本スコア
    • "FormulaSearch"をMethodとして使う場合に使用可能な検索パラメータ：
  • "AllowOtherElements"指定されたもの以外の要素があってもよいかどうか
    • リクエスト"CompoundSID"内の"SIDType"の可能な値：
  • Allすべて
    "Standardized"標準化された
    "Component"成分
    • リクエスト"CompoundAID"内の"AIDType"の可能な値
  • Allすべて
    "Active"アクティブ
    "Inactive"非アクティブ
    • リクエスト"CompoundCID"内の"CIDType"の可能な値
  • "Original"オリジナル
    "Parent"親
    "Component"成分
    "Similar2D"2D類似度
    "Similar3D"3D類似度
    "SameStereo"同じ立体化構造
    "SameIsotopes"同じ同位体
    "SameConnectivity"同じ連結性
    "SameTautomer"同じ互換異性体
    "SameParent"同じ親
    "SameParentStereo"同じ親立体化構造
    "SameParentIsotopes"同じ親同位体
    "SameParentConnectivity"同じ親連結性
    "SameParentTautomer"同じ親互換異性体
    • "Property"の可能な値：
  • "MolecularFormula"分子式
    "MolecularWeight"分子量
    "CanonicalSMILES"標準SMILES
    "IsomericSMILES"立体化構造情報を含む
    "InChI"標準InChI
    "InChIKey"InChIキー
    "IUPACName"IUPAC名
    "XLogP"XLogP
    "ExactMass"厳密な質量
    "MonoisotopicMass"モノアイソトピック質量
    "TPSA"位相的極性表面積
    "Complexity"複雑性
    "Charge"電荷
    "HBondDonorCount"水素結合供与体数
    "HBondAcceptorCount"水素結合受容体数
    "RotatableBondCount"回転可能結合数
    "HeavyAtomCount"非水素原子の数
    "IsotopeAtomCount"濃縮同位元素のある原子の数
    "AtomStereoCount"四面体 (sp3)立体を持つ原子の総数
    "DefinedAtomStereoCount"定義された原子の立体数
    "UndefinedAtomStereoCount"未定義の原子の立体数
    "BondStereoCount"平面(sp2)立体の総結合数
    "DefinedBondStereoCount"定義された結合立体化構造数
    "UndefinedBondStereoCount"未定義の結合立体化構造数
    "CovalentUnitCount"共有結合性単位数
    "Volume3D"3D立体
    "XStericQuadrupole3D"3DのX立体四重極
    "YStericQuadrupole3D"3DのY立体四重極
    "ZStericQuadrupole3D"3DのZ立体四重極
    "FeatureCount3D"3D機能の総数
    "FeatureAcceptorCount3D"受容体の3D機能数
    "FeatureDonorCount3D"供与体の3D機能数
    "FeatureAnionCount3D"陰イオンの3D機能数
    "FeatureCationCount3D"陽イオンの3D機能数
    "FeatureRingCount3D"環の3D機能数
    "FeatureHydrophobeCount3D"疎水性物質の3D機能数
    "ConformerModelRMSD3D"3Dモデルにおける全配座異性体のRMSD
    "EffectiveRotorCount3D"有効なローター数
    "ConformerCount3D"3Dモデルにおける配座異性体数
    "Fingerprint2D"2D指紋ビット（Base64エンコード）
    • "CrossReference"の可能な値：
  • "RegistryID"外部レジストリ識別子
    "RN"レジストリ数
    "PubMedID"NCBI PubMed識別子
    "MMDBID"NCBI MMDB識別子
    "DBURL"外部データベースホームページURL
    "SBURL"外部データベース実体URL
    "ProteinGI"NCBIタンパク質GI
    "NucleotideGI"NCBIヌクレオチドGI
    "TaxonomyID"NCBI分類法識別子
    "MIMID"NCBI MIM識別子
    "GeneID"NCBI遺伝子識別子
    "ProbeID"NCBI調査識別子
    "PatentID"特許識別子
    "SourceName"外部預託者名
    "SourceCategory"預託者のカテゴリ
    • リクエスト"SubstanceCID"内の"CIDType"の可能な値：
  • Allすべて
    "Standardized"標準化された
    "Component"成分
    • リクエスト"SubstanceAID"内の"AIDType"の可能な値：
  • Allすべて
    "Active"アクティブ
    "Inactive"非アクティブ
    • リクエスト"SubstanceSID"内の"SIDType"の可能な値：
  • "Original"オリジナル
    "SameExact"厳密
    "SameStereo"同じ立体化構造
    "SameIsotopes"同じ同位体
    "SameConnectivity"同じ連結性
    "SameTautomer"同じ互換異性体
    "SameParent"同じ親
    "SameParentStereo"同じ親立体化構造
    "SameParentIsotopes"同じ親同位体
    "SameParentConnectivity"同じ親連結性
    "SameParentTautomer"同じ親互換異性体

    • 例題

    例  (5)

    新たな接続を確立する

    指定した化合物のPubChem標準名を得る：

    化合物のリストを識別する：

    名前で化合物を求める：

    部分構造で化合物を検索する：

    上部構造で検索する：

    化合物の詳細な特性を得る：

    化合物の3Dモデルを得る：

    化合物の同義語を得る：

    指定された化合物に関連付けられた物質IDを取り出す：

    指定された物質の画像を得る：

    指定された物質の全記録を得る：