"PubChem" (服务连接)

使用 Wolfram 语言连接 PubChem API 以获取化学分子和属性的参考文献和文摘.

连接与验证

ServiceConnect["PubChem"] 创建到 PubChem API 的连接. 如果可以找到前面保存的连接，就可以使用它，否则，将启动一个新的认证要求.

要求

ServiceExecute["PubChem","request",params] 发送请求至 PubChem API，使用参数 params. 下面给出可能的请求：

化合物名称

要求：

"CompoundDescription" — 获取一个或者多个化合物的标准名称

参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物名称或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符
    "Formula"None分子式（只在 "FormulaSearch" Method 下有效）
    MethodNone搜索方法
    "InterpretEntities"False把每个结果解释为化学 Entity
    • 要求：

    "CompoundSynonyms" — 获取一个或者多个化合物的其他名称

    参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物名称或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符
    "Formula"None分子式（只在 "FormulaSearch" Method 下有效）
    MethodNone搜索方法

    • 与化合物相关的 ID 列表

    要求：

    "CompoundSID" — 获取与一个或者多个化合物相关的全部 SubstanceID 列表

    参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物名称或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符
    "Formula"None分子式（只在 "FormulaSearch" Method 下有效）
    "SIDType"None返回的 "SubstanceID" 类型
    MethodNone搜索方法
    • 要求：

    "CompoundAID" — 获取与一个或者多个化合物相关的全部 AssayID 列表

    参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符
    "Formula"None分子式（只在 "FormulaSearch" Method 下有效）
    "AIDType"None返回的 "AssayID" 类型
    MethodNone搜索方法
    • 要求：

    "CompoundCID" — 获取与一个或者多个化合物相关的全部 CompoundID 列表

    参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符
    "Formula"None分子式（只在 "FormulaSearch" Method 下有效）
    "CIDType"None返回的 "CompoundID" 类型
    MethodNone搜索方法

    • 化合物属性列表

    要求：

    "CompoundProperties" — 返回与一个或者多个化合物相关的属性

    参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物名称或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符
    "Formula"None分子式（只在 "FormulaSearch" Method 下有效）
    "Property"NoneList 中一个或者多个属性
    MethodNone搜索方法

    • 化合物交叉引用列表

    要求：

    "CompoundCrossReferences" — 返回与一个或者多个化合物相关的交叉引用

    参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物名称或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符
    "Formula"None分子式（只在 "FormulaSearch" Method 下有效）
    "CrossReference"None在 List 中的一个或者多个交叉引用
    MethodNone搜索方法

    • 化合物图像

    要求：

    "CompoundImage" — 获取单个化合物的二维或者三维图像

    参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物名称或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符
    "ImageType""2D""2D" 或者 "3D"
    "ImageSize"LargeSmall 或者 Large

    • 化合物 SDF

    要求：

    "CompoundSDF" — 获取单个化合物的 SDF

    参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物名称或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符

    • 只有一种类型的识别符可以作为输入.

    所有化合物记录

    要求：

    "CompoundFullRecords" — 获取一个或者多个化合物的所有记录

    参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物名称或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符
    "Formula"None分子式（只在 "FormulaSearch" Method 下有效）
    "RecordType""2D""2D" 或者 "3D"
    MethodNone搜索方法

    • 化合物化验摘要

    要求：

    "CompoundAssaySummary" — 获取一个或者多个化合物的化验摘要

    参数：
  • "CompoundID"None整数化合物识别符
    "SMILES"NoneSMILES 字符串
    "Name"None化合物名称或者化学实体
    "InChI"NoneInChI 化合物识别符
    "InChIKey"NoneInChIKey 化合物识别符
    "Formula"None分子式（只在 "FormulaSearch" Method 下有效）
    MethodNone搜索方法

    • 物质的相似名称

    要求：

    "SubstanceSynonyms" — 获取一个或者多个物质的其他名称

    参数：
  • "SubstanceID"None整数物质识别符
    "Name"None物质名称或者化学实体

    • 与物质相关的 ID 列表

    要求：

    "SubstanceCID" — 获取与一个或者多个物质相关联的所有 CompoundID 列表

    参数：
  • "SubstanceID"None整数物质识别符
    "Name"None化学实体的物质名称
    "CIDType"None返回的 "CompoundID" 类型
    • 要求：

    "SubstanceAID" — 获取与一个或者多个物质相关的全部 AssayID 列表

    参数：
  • "SubstanceID"None整数物质识别符
    "Name"None物质名称或者化学实体
    "AIDType"None返回的 "AssayID" 类型
    • 要求：

    "SubstanceSID" — 获取与一个或者多个物质相关的全部 SubstanceID 列表

    参数：
  • "SubstanceID"None整数物质识别符
    "Name"None物质名称或者化学实体
    "SIDType"None返回的 "SubstanceID" 类型

    • 物质图像

    要求：

    "SubstanceImage" — 获取物质的二维或者三维图像

    参数：
  • "SubstanceID"None整数物质识别符
    "Name"None物质名称或者化学实体
    "ImageSize"LargeSmall 或者 Large

    • 只有一种识别符可以作为输入使用.

    物质 SDF

    要求：

    "SubstanceSDF" — 获取单个物质的 SDF

    参数：
  • "SubstanceID"None整数物质识别符
    "Name"None物质名称或者化学实体

    • 只有一种类型的识别符可以作为输入使用.

    全部物质记录

    要求：

    "SubstanceFullRecords" — 获取一个或者多个物质的全部记录

    参数：
  • "SubstanceID"None整数物质识别符
    "Name"None物质名称或者化学实体

    • 物质交叉引用列表

    要求：

    "SubstanceCrossReferences" — 返回与一个或者多个物质相关的交叉引用

    参数：
  • "SubstanceID"None整数物质识别符
    "Name"None物质名称或者化学实体
    "CrossReference"NoneList 中的一个或者多个交叉引用

    • 物质化验摘要

    要求：

    "SubstanceAssaySummary" — 获取一个或者多个物质的化验摘要

    参数：
  • "SubstanceID"None整数物质识别符
    "Name"None物质名称或者化学实体

    • 参数细节

    Method 的可能数值包括：
  • "Similarity2DSearch"按照二维相似度搜索
    "Similarity3DSearch"按照三维相似度搜索
    "SubstructureSearch"按照子结构搜索
    "SuperstructureSearch"按照上一层结构搜索
    "FormulaSearch"按照分子式搜索
    • 当使用 "SubstructureSearch" 或者 "SuperstructureSearch" 作为 Method 时可能的搜索参数包括：
  • "MatchIsotopes"原子是否必须位于指定同位素上
    "MatchCharges"原子是否必须匹配指定电荷
    "MatchTautomers"是否允许匹配到给定的结构的异构体
    "RingsNotEmbedded"环是否可以不嵌入在一个较大的系统中
    "SingleDoubleBondsMatch"单键或双键是否匹配芳香族键
    "ChainsMatchRings"查询中的链分子键是否匹配击中的环
    "StripHydrogen"是否在搜索前删除任何显式氢
    "Stereo"如何处理立体结构；"Ignore"、"Exact"、"Relative"、"Nonconflicting" 中的一个
    • 当使用 "Similarity2DSearch" 或者 "Similarity3DSearch" 作为 Method 时可能的搜索参数：
  • "Threshold"击中的最小 Tanimoto 分数
    • 当使用 "FormulaSearch" 作为 Method 时的可能搜索参数是：
  • "AllowOtherElements"除了指定的那些，是否允许出现其他元素
    • 要求 "CompoundSID" 中 "SIDType" 的可能值包括：
  • All全部
    "Standardized"标准化
    "Component"成分
    • 要求 "CompoundAID" 中 "AIDType" 的可能数值包括：
  • All全部
    "Active"活化
    "Inactive"非活化
    • 要求 "CompoundCID" 中 "CIDType" 的可能数值包括：
  • "Original"原始的
    "Parent"父系
    "Component"分量
    "Similar2D"2D 类似
    "Similar3D"3D 类似
    "SameStereo"同样的体视
    "SameIsotopes"同样的同位素
    "SameConnectivity"同样的连接性
    "SameTautomer"同样的互变异构体
    "SameParent"同样的父系
    "SameParentStereo"同样的父系体视
    "SameParentIsotopes"同父系同位素
    "SameParentConnectivity"同父系连通性
    "SameParentTautomer"同父系互变异构体
    • "Property" 的可能数值包括：
  • "MolecularFormula"分子式
    "MolecularWeight"分子量
    "CanonicalSMILES"规范 SMILES
    "IsomericSMILES"包括立体结构信息
    "InChI"标准 InChI
    "InChIKey"InChI 键
    "IUPACName"IUPAC 名称
    "XLogP"XLogP
    "ExactMass"精确质量
    "MonoisotopicMass"单一同位素质量
    "TPSA"拓扑极性表面积
    "Complexity"复杂度
    "Charge"电荷
    "HBondDonorCount"氢键供体数量
    "HBondAcceptorCount"氢键受体计数
    "RotatableBondCount"可旋转键计数
    "HeavyAtomCount"非氢原子的数目
    "IsotopeAtomCount"用富集同位素的原子数目
    "AtomStereoCount"四面体（sp3）的原子总数
    "DefinedAtomStereoCount"定义原子立体数目
    "UndefinedAtomStereoCount"未定义原子立体数目
    "BondStereoCount"具有平面（sp2）立体的分子链总数
    "DefinedBondStereoCount"已定义分子链立体数
    "UndefinedBondStereoCount"未定义分子链立体数
    "CovalentUnitCount"共价单位数
    "Volume3D"立方体
    "XStericQuadrupole3D"三维空间中 X 立体四极
    "YStericQuadrupole3D"三维空间中 Y 立体四极
    "ZStericQuadrupole3D"三维空间中 Z 立体四极
    "FeatureCount3D"3D功能总数
    "FeatureAcceptorCount3D"受体3D功能数目
    "FeatureDonorCount3D"供体3D功能数目
    "FeatureAnionCount3D"阴离子3D功能数目
    "FeatureCationCount3D"阳离子3D功能数目
    "FeatureRingCount3D"环3D功能数目
    "FeatureHydrophobeCount3D"疏水基3D功能数目
    "ConformerModelRMSD3D"在3D模型中所有的构象RMSD
    "EffectiveRotorCount3D"有效的转子数
    "ConformerCount3D"3D模型中的构象的数目
    "Fingerprint2D"2D指纹位（base64编码）
    • "CrossReference" 的可能值包括：
  • "RegistryID"外部注册识别符
    "RN"注册号
    "PubMedID"NCBI PubMed 识别符
    "MMDBID"NCBI MMDB 识别符
    "DBURL"外部数据库主页 URL
    "SBURL"外部数据库物质 URL
    "ProteinGI"NCBI 蛋白质 GI
    "NucleotideGI"NCBI 核苷酸 GI
    "TaxonomyID"NCBI 分类识别符
    "MIMID"NCBI MIM 识别符
    "GeneID"NCBI 基因识别符
    "ProbeID"NCBI 探查识别符
    "PatentID"父识别符
    "SourceName"外部沉淀器名称
    "SourceCategory"沉淀器类型
    • 要求 "SubstanceCID" 中 "CIDType" 可能数值包括：
  • All全部
    "Standardized"标准化
    "Component"成分
    • 要求 "SubstanceAID" 中 "AIDType" 的可能值包括：
  • All全部
    "Active"活化
    "Inactive"非活化
    • 要求 "SubstanceSID" 中 "SIDType" 的可能值包括：
  • "Original"原始
    "SameExact"准确
    "SameStereo"相同的立体化学结构
    "SameIsotopes"相同的同位素
    "SameConnectivity"相同的连通性
    "SameTautomer"相同的异构体
    "SameParent"相同父
    "SameParentStereo"相同的父立体化学结构
    "SameParentIsotopes"相同的父同位素
    "SameParentConnectivity"相同的父连通性
    "SameParentTautomer"相同的父异构体

    • 范例

    基本范例  (5)

    创建新连接：

    获取给定化合物的 PubChem 标准名称：

    识别化合物列表：

    按照名次查找化合物：

    按照子结构搜索化合物：

    按照上层结构搜索：

    获取化合物的详细属性：

    获取给定化合物的三维模型：

    求化合物的同义词：

    获取与给定化合物相关的物质 ID：

    获取给定物质的图像：

    获取给定物质的完整记录：