AtomList

AtomList[mol]

mol で表される分子内の原子のリストを与える．

AtomList[mol,patt]

分子 mol に含まれる，原子パターン patt に合致した原子のリストを与える．

AtomList[mol,patt,"prop"]

patt に合致する原子の指定された特性の値を与える．

詳細とオプション

  • 次は patt の可能な値である．
  • "sym"原子記号"sym"の原子
    Atom["sym",rules]"rules"で説明された特性を持つ原子
    MoleculePattern["patt"]SMARTS文字列"patt"で定義された原子パターン
    patt1|patt2|…任意の pattiに合致する原子
  • "prop"の可能な値には以下がある．
  • "AromaticAtomQ"芳香族原子
    "AtomChirality"カーン・インゴルド・プレローグ(Cahn-Ingold-Prelog)優先順位規則を使用して決定された絶対原子キラリティー
    "AtomicNumber"原子番号
    "AtomicSymbol"標準原子記号
    "AtomIndex"原子インデックス
    "CIPRank"カーン・インゴルド・プレローグ優先順位規則を使用して計算された原子ランク
    "CoordinationNumber"原子についての明示的な結合数
    "Element"元素実体
    "FormalCharge"形式電荷
    "GasteigerPartialCharge"Gasteiger部分電荷
    "GeometricStericEffectIndex"幾何学的立体指標
    "HeavyAtomCoordinationNumber"重原子との結合数
    "HydrogenCount"水素数
    "ImplicitHydrogenCount"暗黙の水素数
    "Isotope"同位体実体
    "MassNumber"質量数
    "MMFFPartialCharge"MMFF部分電荷
    "MostAbundantMassNumber"最も一般的に存在する同位体の質量数
    "OrbitalHybridization"軌道の混成
    "PiElectronCount" 電子数
    "RingAtomQ"原子が環の中にあるかどうか
    "TopologicalStericEffectIndex"位相的立体指標
    "UnpairedElectronCount"不対電子の数
    "UnsaturatedAtomQ"不飽和原子
    "Valence"原子価
  • デフォルトオプション設定のIncludeHydrogensAllでは，AtomListですべての原子が返される．オプション値"ExplicitOnly"を使うと暗黙の水素が除外される．

例題

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例  (2)

分子からすべての原子を得る：

炭素原子だけを得る：

炭素原子の原子インデックスを得る：

炭素原子の原子インデックス，部分電荷，座標を得る：

炭素以外の原子だけを得る：

パターンと一致する原子の複数の特性を得る：

スコープ  (2)

環の中のすべての炭素原子について原子インデックスを求める：

結果をMoleculePlotに与えてそれらをハイライトする：

部分的に負の電荷を持つ不飽和原子を求める：

一致する原子をハイライトする：

オプション  (2)

IncludeHydrogens  (2)

AtomListは，デフォルトで，すべての原子を返す：

IncludeHydrogensNoneを使って原子の大部分を構成する水素を除外する：

以下は，水素原子を除いたパターンに等しい：

水素原子は，通常の原子価規則から推測できる場合は省略できる．IncludeHydrogens"ExplicitOnly"を使って明示的にリストされている原子だけを含める：

考えられる問題  (1)

Moleculeは原子価を水素原子で埋めようとするので，もとの分子式にはない水素原子が原子のリストに含められる：

暗黙の水素原子を除外する場合は以下を使うとよい：

水素原子が現れないように，MoleculeのオプションValenceFillingNoneを使ってもよい：

結果の分子は不対電子がある単一の原子を含んでいる：

おもしろい例題  (1)

すべての非水素原子の混成を求める：

GroupByを使って原子インデックスを対応する混成でグループ化する：

結果を使って注釈付きの混成軌道の3Dプロットを作成する：

Wolfram Research (2019), AtomList, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/AtomList.html （2020年に更新）.

テキスト

Wolfram Research (2019), AtomList, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/AtomList.html （2020年に更新）.

CMS

Wolfram Language. 2019. "AtomList." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. Last Modified 2020. https://reference.wolfram.com/language/ref/AtomList.html.

APA

Wolfram Language. (2019). AtomList. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/AtomList.html

BibTeX

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