BioSequenceBackTranslateList

BioSequenceBackTranslateList[bioseq]

给出肽序列 bioseq 的推广反向翻译.

BioSequenceBackTranslateList[bioseq,gtt]

使用基因翻译表 gtt.

BioSequenceBackTranslateList[bioseq,gtt,startspec]

按照规约 startspec 处理 bioseq 中的起始氨基酸.

更多信息和选项

  • BioSequenceBackTranslateList 会使用退化性字母最小化返回列表的尺寸.
  • 基因翻译表 gtt 可按如下说明指明：
  • Automatic标准编码（默认）
    "name""GeneticTranslationTable" 实体的标准名称
    Entity["GeneticTranslationTable",…]"GeneticTranslationTable" 实体
    nNCBI 基因编码数
    "AAAA…"长度为 64 的 NCBI 氨基酸翻译字符串
    <|"cod1""tran1","cod2""tran2",…|>显式密码子翻译表
  • 起始密码子规约 startspec 指明对于 bioseq 中的第一个氨基酸应用何种翻译. 若未给定 startspec，则只有在 bioseq 为蛋白质实体或某个完整蛋白质的某个其他规约时，第一个氨基酸会被视作起始氨基酸.
  • 下列 startspec 格式可用于指定如何处理 bioseq 中的第一个氨基酸：
  • Automatic仅在完整蛋白质的情况下使用起始翻译
    False永不使用起始翻译
    True总是使用起始翻译
  • 下列 startspec 其他格式可被用于定义起始密码子行为，覆盖基因翻译表 gtt 的规约：
  • n使用 NCBI 基因编码数起始密码子归约
    "AAAA…"使用长度为64的 NCBI 起始密码子翻译字符串
    <|"cod1""tran1","cod2""tran2",…|>显式指定起始密码子翻译
  • BioSequenceBackTranslateList 有如下选项：
  • MaxItems 10000得到序列的最大数量

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (1)

求肽序列的推广反向翻译：

当结果不能被表示为单个退化性序列时，获取数个反向翻译：

范围  (6)

使用 "GeneticTranslationTable" 实体的反向翻译：

使用 Association 指定翻译表：

使用任意 NCBI 翻译表：

使用自动选择翻译表的起始翻译：

观察不使用起始翻译的区别：

用变更起始密码子的关联关系指定起始密码子翻译：

使用 NCBI 标记法指定起始密码子翻译：

选项  (1)

MaxItems  (1)

选择翻译返回的项的最大数量：

默认翻译结果的数量达到上限：

Infinity 允许所有可能的反向翻译：

属性和关系  (1)

BioSequenceBackTranslateList 返回少数退化性序列：

在结果中映射 BioSequenceInstances 以获取具体序列：

巧妙范例  (1)

在 DNA 中编码短语：

Wolfram Research (2020)，BioSequenceBackTranslateList，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceBackTranslateList.html.

文本

Wolfram Research (2020)，BioSequenceBackTranslateList，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceBackTranslateList.html.

CMS

Wolfram 语言. 2020. "BioSequenceBackTranslateList." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceBackTranslateList.html.

APA

Wolfram 语言. (2020). BioSequenceBackTranslateList. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceBackTranslateList.html 年

BibTeX

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