BioSequenceModify

BioSequenceModify[seq,"mod"]

変更"mod"を配列 seq に加えた結果を与える．

BioSequenceModify[seq,{"mod",params}]

"mod"についてのパラメータ params を指定する．

BioSequenceModify[modspec]

生体分子配列に適用可能なBioSequenceModifyの演算子形を表す．

詳細

  • 結合の変更
  • {"AddBond",{i1,i2}}i1および i2における文字間に高次結合を加える
    {"AddBond",Bond[{i1,i2},"type"]}与えられたインデックス間に与えられたタイプの結合を加える
    {"DeleteBond",{i1,i2}}与えられたインデックス間のすべての高次結合を削除する
    {"DeleteBond",Bond[{i1,i2},"type"]}与えられたインデックス間の指定された結合を削除する
  • 環状性調整の変更
  • "MakeCircular"線形配列を環状配列に変換する
    "MakeLinear"環状配列を線形配列に変換する
    {"MakeLinear",i}i 番目の位置から始まる線形配列を変換する
  • コレクションの変更
  • {"AddToCollection",{seq1,seq2,…}}配列のリストを配列のコレクションに組み込む
    "SplitDisconnectedCollection"結合されていないクラスタを別のコレクションに分離する
  • 表現のみの変更
  • "InnermostBondRepresentation"最も内側の適用可能な配列の結合を表す
    "OutermostBondRepresentation"最も外側の適用可能な配列の結合を表す
    "CanonicalRepresentation"すべての配列と結合を正準形に変換する
  • 翻訳変更
  • "DropIncompleteCodons"DNAまたはRNAの末尾から不完全なコドンを削除する
    "DropToStartCodon"DNAまたはRNAから開始コドンが見付かるまで文字を削除する
    "DropFromStopLetter"ペプチドから終止文字が見付かった後の文字を削除する

例題

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例  (12)

配列に結合を加える：

配列から結合を削除する：

すべての文字を含め，最も内側の配列のすべての結合を表す：

最も外側のすべての結合を表す：

結合と配列の表現をソートされて簡約された形式に正規化する：

線形配列を環状配列に変換する：

環状配列を線形配列に変換する：

配列のリストを配列コレクションに加える：

結合されていない配列コレクションの成分を別のコレクションに分離する：

翻訳のために完全なコドンだけになるように，ヌクレオチド配列の後ろの文字を削除する：

デフォルトの遺伝子翻訳表で開始コドンまでの文字を削除する：

ペプチド配列の終止文字の後ろの項を削除する：

スコープ  (23)

"AddBond"  (4)

結合を挿入する際に結合タイプを指定する必要はない．結合タイプは，与えられていなければ推測される：

推測された結合タイプはリンクされた文字に依存するかもしれない：

ハイブリッド鎖にも結合を加えることができる：

配列コレクションにも結合を加えることができる：

"AddToCollection"  (3)

単一の配列もコレクションに加えられる：

単一のモチーフ配列またはハイブリッド配列はコレクションに変更される：

複数の配列コレクションがある場合，それらは結果で統合される：

"CanonicalRepresentation"  (3)

配列が等しい場合，正規化では順序を決めるために鎖レベルの結合が使われる：

配列と鎖レベルの結合が等しい場合，正規化では順序を決めるために配列結合が使われる：

ソートに加え，単一鎖のコレクションは鎖に簡約され，単一モチーフのハイブリッドはそのモチーフに簡約される：

"DeleteBond"  (2)

2つのインデックス間のすべての高次結合を削除する：

結合の削除は常に最も外側の形に対して行われる．最も外側の形は"SequenceBondList"特性が与える形である：

"DropToStartCodon"  (3)

任意の遺伝子翻訳表実体を使って開始コドンが指定できる：

特定のコドンまたはコドンのリストは開始コドン指定に使うことができる：

後で使うために演算子形に変更を加えることができる：

さらなる指定を含む変更も，演算子形に加えることができる：

"InnermostBondRepresentation"  (1)

結合を内側に動かすことは，いくつかの層からモチーフに結合を動かす可能性がある：

"MakeCircular"  (2)

RNA配列は環状RNA配列に変換できる：

ペプチド配列は環状ペプチド配列に変換できる：

"MakeLinear"  (3)

環状RNA配列は線形RNA配列に変換できる：

環状ペプチド配列は線形ペプチド配列に変換できる：

特定の位置から線形配列を始める：

環状配列を線形配列に変換する際，相対的な結合位置は保持される：

"OutermostBondRepresentation"  (1)

結合を内側に動かすと，結合を内側の任意のモチーフまたは鎖から最も外側の配列構造に移動させることになる：

"SplitDisconnectedCollection"  (1)

接続を分割すると，新たなコレクションの帰属関係に基づいて配列の番号が付け替えられる：

アプリケーション  (1)

環状ペプチド：

さまざまなペプチドがcircular permutationを介して互いと関連がある可能性がある：

考えられる問題  (2)

与えられた変更は，特定のタイプの配列には適用できないかもしれない：

結合タイプが推測できなければ，タイプがない結合が加えられる：

おもしろい例題  (1)

タンパク質プレプロインスリンをBioSequenceとして表す：

シグナルペプチド配列を削除してプロインスリンを作る：

ジスルフィド結合を追加し，プロインスリン配列を分割してインスリンを作成する：

Wolfram Research (2020), BioSequenceModify, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceModify.html （2021年に更新）.

テキスト

Wolfram Research (2020), BioSequenceModify, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceModify.html （2021年に更新）.

CMS

Wolfram Language. 2020. "BioSequenceModify." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. Last Modified 2021. https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceModify.html.

APA

Wolfram Language. (2020). BioSequenceModify. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceModify.html

BibTeX

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BibLaTeX

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