BioSequenceTranslate

BioSequenceTranslate[bioseq]

将 DNA 或 RNA 序列 bioseq 翻译为肽序列.

BioSequenceTranslate[bioseq,gtt]

使用基因翻译表 gtt.

BioSequenceTranslate[bioseq,gtt,startspec]

根据规约 startspec 处理 bioseq 中的起始密码子.

更多信息

  • 基因翻译表 gtt 可按如下说明指定：
  • Automatic标准编码（默认）
    "name""GeneticTranslationTable" 实体的标准名称
    Entity["GeneticTranslationTable",…]"GeneticTranslationTable" 实体
    nNCBI 基因编码数
    "AAAA…"长度为 64 的 NCBI 密码子翻译字符串
    <|"cod1""tran1","cod2""tran2",…|>显式密码子翻译表
  • 起始密码子规约 startspec 指明对于 bioseq 中的第一个密码子应用何种翻译. 如果没有给定 startspec，只有在 bioseq 可以被识别为对应完整蛋白质时，第一个密码子会被视作起始密码子.
  • 下列 startspec 格式可用于指定如何处理 bioseq 中第一个密码子：
  • Automatic仅在完整蛋白质情况下视作起始密码子
    False永不被视作起始密码子
    True一直被视作起始密码子
  • 下列 startspec 其他格式可被用于定义起始密码子行为，覆盖基因翻译表 gtt 的规约：
  • n使用 NCBI 基因编码数起始密码子归约
    "AAAA…"使用长度为64的 NCBI 起始密码子翻译字符串
    <|"cod1""tran1","cod2""tran2",…|>显式指定起始密码子翻译

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (1)

将一个 DNA 序列翻译成对应的肽序列：

范围  (8)

翻译 RNA 序列：

使用 "GeneticTranslationTable" 实体进行翻译：

使用与 NCBI 相应的基因编码数进行翻译：

使用 Association 指明翻译表：

使用任意 NCBI 翻译表：

使用自动选择的翻译表的起始翻译：

用变更起始密码子的关联关系指定起始密码子翻译：

使用 NCBI 标记法指定起始密码子翻译：

应用  (2)

硒半胱氨酸（U）和 吡咯赖氨酸（O）的翻译仅在与特定有机体的翻译系统不同的特定化学环境下发生. 改变密码子翻译的关联关系是结合他们的方法之一：

在将编码序列拼接到一起之后，翻译会生成与蛋白质一样的序列：

可能存在的问题  (2)

有退化性字母的输入可能会产生多个无法归到单个推广类型的可能翻译：

先使用 BioSequenceInstances 可以避免这种不明确的情况：

如果 DNA 或 RNA 序列的长度不是三的倍数，则剩下的字母会在密码子构建完成之后在序列尾部被删除：

巧妙范例  (2)

查看由翻译得来的肽：

显示在 DNA 中编码的词句：

Wolfram Research (2020)，BioSequenceTranslate，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceTranslate.html.

文本

Wolfram Research (2020)，BioSequenceTranslate，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceTranslate.html.

CMS

Wolfram 语言. 2020. "BioSequenceTranslate." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceTranslate.html.

APA

Wolfram 语言. (2020). BioSequenceTranslate. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceTranslate.html 年

BibTeX

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