文字列が生物学的配列を表すことができるようにする,アルファベットと文字間の関係.

Entity["BioSequenceType",name]または

タイプ"BioSequenceType"の実体を表す.

[prop]

指定された特性の値を与える.

[{propi,}]

特性のリストの値を与える.

実体のサンプル

特性

  • AdditionalBondTypesadditional bond types
    AllowedBondingRulesallowed bonding rules
    Alphabetalphabet
    AlphabetRulesalphabet rules
    AlternateEncodingRulesalternate encoding rules
    BondTypesall associated bond types
    Captioncaption
    CircularQcircular
    ComplementLetterRulescomplement letter rules
    DegenerateAlphabetdegenerate alphabet
    DegenerateLetterRulesdegenerate letter rules
    EntityTypeListentity type list
    FullAlphabetall letters
    Namename
    PrimaryStructureBondTypeprimary structure bond type

詳細

  • "BioSequenceType"実体には,生物学的配列の処理に最もよく使われる標準的なアルファベットが含まれる.
  • 特性の中には,"BioSequenceType"実体タイプ全体について使え,EntityValue["BioSequenceType",property]の形式を使って得られるものもある.そのような特性には以下が含まれる.
  • "Properties"使用できる特性のリスト
    "PropertyCanonicalNames"使用できる特性の標準名
    "SampleEntities"使用できる実体のサンプルリスト(通常の長さは10)
    "SampleEntityClasses"使用できる実体クラスのサンプルリスト(通常の長さは10)
    "EntityCount"使用できる実体の数
    "Entities"使用できる実体のリスト
    "EntityCanonicalNames"使用できる実体の標準名
    "EntityClasses"使用できる実体クラスのリスト
    "EntityClassCanonicalNames"使用できる実体クラスの標準名
    "PropertyClasses"使用できる特性クラスのリスト
    "PropertyClassCanonicalNames"使用できる特性クラスの標準名
    "PropertyCount"使用できる特性の数
  • EntityValue["BioSequenceType",property,annotation]の第3引数として以下の注釈が使える.
  • "Source"特性の出典情報
    "Date"実体特性値に関連する日付(あれば)
    "EntityAssociation"実体と実体特性値の連想
    "PropertyAssociation"特性と実体特性値の連想
    "EntityPropertyAssociation"指定の実体がキー,値が特性と実体特性値のネストした連想である連想
    "PropertyEntityAssociation"指定の特性がキー,値が実体と実体特性値のネストした連想である連想
    "Dataset"指定の実体がキー,値が特性名と実体特性値の連想であるデータ集合
  • EntityValue[property,annotation]の第2引数として以下の注釈が使える.
  • "Qualifiers"特性の可能な限定子のリスト
    "QualifierValues"各限定子に与えることができる値のリスト
    "DefaultQualifierValues"特性の限定子のデフォルト値のリスト
    "Description"特性についての短いテキストでの説明
    "Definition"テキストでの特性についての詳しい説明
    "PhysicalQuantity"実体特性値に関連する物理量
    "Unit"実体特性値に関連する単位
  • 限定子の値であるAutomaticは,適用できる形式の値が使えることを意味する.例えば,"Date"限定子には固有の日付や日付範囲が含まれる.

例題

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  (3)

実体を調べる際には,を使う:

ある実体の特性値を求める:

ある実体について使用できる特性すべてのデータ集合を取り出す:

アプリケーション  (2)

"BioSequenceType"実体は,BioSequence式を構築するために使える:

どのBioSequenceオブジェクトもタイプもBioSequenceType実体である:

おもしろい例題  (1)

RNAシーケンスで使える各文字についての解釈のデータ集合を構築する: