CDXML (.cdxml)

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/x-cdxmlChemDraw Exchange形式CDXのXML版．
    • 任意数の化合物を表す．
    • XML形式．
    • 原子座標，化学結合情報，およびメタデータを保存する．

ImportとExport

  • Import["file.cdxml"]はCDXMLファイルを分子としてインポートする．
  • Export["file",mol]は分子をCDXMLファイルにエキスポートする．
  • CDXMLファイルの二次元座標は分子のAtomDiagramCoordinatesオプション値に保存される．
  • インポートされた分子 mol からは mol["AtomDiagramCoordinates"]を使って座標が取り出せる．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Import, Exportファイルからインポートする，あるいはファイルへエキスポートする
    CloudImport, CloudExportクラウドオブジェクトからインポートする，あるいはクラウドオブジェクトへエキスポートする
    ImportString, ExportString文字列からインポートする，あるいは文字列へエキスポートする
    ImportByteArray, ExportByteArrayバイト配列からインポートする，あるいはバイト配列へエキスポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト

オプション

  • 一般的なExportオプション：
  • IncludeHydrogensAutomaticエキスポートしたファイルに水素原子を含ませるかどうかを指定する
  • デフォルトの設定Automaticでは，炭素原子に結合している水素原子は表示されない．すべての水素原子を含むようにする，または隠すためには，それぞれオプション値True，False を使用する．

例題

すべて開くすべて閉じる

例  (3)

CDXMLファイルからフルオレン誘導体をインポートする：

分子を2D構造図で示す：

CDXMLファイルから対称型トリグリセリドのモデルをインポートする：

分子を2D構造図で示す：

分子をCDXMLファイルにエキスポートする：

Exportオプション  (1)

IncludeHydrogens  (1)

デフォルト設定IncludeHydrogensAutomaticでは，炭素原子に直接結合している水素原子は暗黙的であるとして扱われ，ファイルにはエキスポートされない．オクタノールについては，酸素原子に直接結合している水素原子のみ明示的に含まれる：

出力ファイルにすべての原子が含まれるようにするためには，IncludeHydrogensTrueを使う：

すべての原子が配置されるときは，プロット時にすべての水素原子が表示されない限り，構造が正しくないように見えることがあることに注意されたい：

MoleculePlotでPlotThemeオプションを使ってすべての原子を表示する：