CML (.cml)

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/x-cml
    • 化学情報の交換のためのChemical Markup Language（化学マークアップ言語）．
    • 任意数の化合物を表す．
    • XML形式．
    • 原子座標，化学結合情報，およびメタデータを保存する．

ImportとExport

  • Import["file.cml"]はCMLファイルから分子のリストをインポートする．
  • Export["file.cml",expr]は分子または分子のリストをCMLファイルにエキスポートする．
  • Import["file.cml",elem]はCMLファイルから指定された要素をインポートする．
  • インポート形式はImport["file","CML"]またはImport["file",{"CML",elem,…}]で指定できる．
  • Export["file.cml",mol]は分子からCMLファイルを作成する．
  • Export["file.cml",{mol1,mol2,…}]は分子のリストからCMLファイルを作成する．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Import, Exportファイルからインポートする，あるいはファイルへエキスポートする
    CloudImport, CloudExportクラウドオブジェクトからインポートする，あるいはクラウドオブジェクトへエキスポートする
    ImportString, ExportString文字列からインポートする，あるいは文字列へエキスポートする
    ImportByteArray, ExportByteArrayバイト配列からインポートする，あるいはバイト配列へエキスポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ要素：
  • "Molecule"分子モデルの記号表現
    "Molecule", nn 番目の分子の記号表現
    "Metadata"ファイルのメタデータを含むAssociation
    "Metadata", nn 番目の分子のメタデータ

オプション

  • 一般的なImport要素：
  • IncludeMetaInformationTrue分子式にファイルのその他のデータを追加するかどうか
  • 一般的なExportオプション：
  • IncludeHydrogensAutomaticエキスポートしたファイルに水素原子を含ませるかどうかを指定する
    "CoordinateDimension"Automatic2Dまたは3Dの座標を出力に含ませるかどうか
    "Header"Automatic分子IDを指定する文字列または文字列のリスト

例題

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例  (2)

CMLファイルで利用できるImport要素を示す：

ファイルからすべての分子をインポートする：

ファイルから2つ目と5つ目の分子をインポートする：

ファイルの最初の化合物のメタ情報をインポートする：

分子をCMLファイルにエキスポートする：

Exportオプション  (2)

IncludeHydrogens  (1)

デフォルト設定IncludeHydrogensAutomaticでは，分子に明示的に含まれている水素原子は出力ファイルに含まれる：

明示的な水素原子が加えられるように，エキスポートの前に指定する：

"CoordinateDimension"  (1)

オプション"CoordinateDimension"は値にAutomatic，2，または3を取ることができる：

分子をCMLに二次元座標でエキスポートする：

分子をCMLに三次元座標でエキスポートする：