CML (.cml)

背景

    • MIME 类型: chemical/x-cml
    • 化学标记语言，用于交换化学信息.
    • 代表任意数量的化合物.
    • XML 格式.
    • 存储原子坐标，化学键信息和元数据.

Import 与 Export

  • Import["file.cml"] 从 CML 文件中导入分子列表.
  • Export["file.cml",expr] 将一个分子或分子列表导出到 CML 文件.
  • Import["file.cml",elem] 从 CML 文件导入指定的元素.
  • 可用 Import["file","CML"] 或 Import["file",{"CML",elem,…}]指定导入格式.
  • Export["file.cml",mol] 从一个分子创建一个 CML 文件.
  • Export["file.cml",{mol1,mol2,…}] 从分子列表创建 CML 文件.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import, Export从文件导入或导出到文件
    CloudImport, CloudExport从云对象导入或导出到云对象
    ImportString, ExportString从字符串导入或导出到字符串
    ImportByteArray, ExportByteArray从字节数组导入或导出到字节数组

Import 参数

  • 通用 Import 参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 数据参数：
  • "Molecule"分子模型的象征性表示
    "Molecule", n第 n 个分子的符号表示
    "Metadata"包含文件中元数据的 Association
    "Metadata", n第 n 个分子的元数据

选项

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (2)

显示 CML 文件中可用的 Import 参数：

从文件中导入所有分子：

从文件中导入第二和第五个分子：

导入此文件中第一个化合物的元信息：

将分子导出到 CML 文件：

Export Options  (2)

IncludeHydrogens  (1)

在默认设置为 IncludeHydrogensAutomatic 的情况下，如果氢原子明确存在于分子中，则氢原子将包含在输出文件中：

指定在导出之前应添加明确的氢：

"CoordinateDimension"  (1)

"CoordinateDimension" 选项可以采用值为 Automatic、2 或 3.

用二维坐标将分子导出到 CML：

使用三维坐标将分子导出到 CML：