Cube (.cub，.cube)

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/x-cubeGaussian Cubeファイル．
    • 電子構造プログラムにおいて三次元格子上の軌道または密度の値を保存するのに使用される．
    • プレーンテキスト形式．
    • 任意数の軌道の立体データを含むことができる．
    • Gaussian, Inc.によって保守されている．

ImportとExport

  • Import["file.cub"]はCubeファイルから分子のリストをインポートする．
  • Export["file.cub",expr]は分子または分子のリストをCubeファイルにエキスポートする．
  • Import["file.cub",elem]はCubeファイルから指定の要素をインポートする．
  • Import["file.cub",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポート形式はImport["file","Cube"]またはImport["file",{"Cube",elem,…}]で指定できる．
  • Export["file.cub",mol]はMetaInformationに"VolumetricData"キーを含む分子からCubeファイルを作成する．
  • Export["file.cub",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}]は各 expri が対応する elemi を指定しているとして扱う．
  • Export["file.cub",expr,opt1->val1,…]は指定の値を持つ指定のオプション要素で expr をエキスポートする．
  • Export["file.cub",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"]は規則を使ってエキスポートする要素を指定する．
  • Cubeファイルを作成する際，立体データはMetaInformationの分子式とすることも，別の要素としてExportに与えることもできる．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Import, Exportファイルからインポートする，あるいはファイルへエキスポートする
    CloudImport, CloudExportクラウドオブジェクトからインポートする，あるいはクラウドオブジェクトへエキスポートする
    ImportString, ExportString文字列からインポートする，あるいは文字列へエキスポートする
    ImportByteArray, ExportByteArrayバイト配列からインポートする，あるいはバイト配列へエキスポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ要素：
  • "Molecule"分子モデルの記号表現
    "VolumetricData"電子軌道情報を含むAssociation
    "Graphics3D"分子モデルと電子の等値面を表す等高線を含む3Dグラフィックス
  • "VolumetricData"要素は以下のキーを含む：
  • "DataRange"境界ボックス座標のリスト {{xmin,xmax},{ymin,ymax},{zmin,zmax}}
    "Data"格子上の軌道の波動関数または密度の値を指定する三次元配列
    "OrbitalNumber"軌道の数値を指定するオプションのリスト

オプション

例題

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例  (3)

Cubeファイルから電子密度をインポートしてプロットする：

2つの軌道を含むCubeファイルをインポートしてプロットする：

Cubeファイルから分子をインポートする：

分子に合致するEntityを求める：

分子のMetaInformationから立体データを求める：

分子をCubeファイルにエキスポートする：

Import要素  (1)

Cubeファイルから2つの分子軌道の立体データをインポートする：

Export要素  (1)

分子とデータをCubeファイルにエキスポートする：

Importオプション  (1)

軌道等値面の値とスタイルを指定する：

面にテクスチャを使用する：