GaussianLog

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/x-gaussian-logGaussianのログファイル．
    • 量子化学計算結果の保存に使用される．
    • テキスト形式．

Import

  • Import["file.log"]はGaussianログファイルをMoleculeオブジェクトとしてインポートする．
  • Importについての一般的な全情報は関数ページを参照のこと．
  • ImportStringはGaussianのログ形式をサポートする．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Importファイルからインポートする
    CloudImportクラウドオブジェクトからインポートする
    ImportString文字列からファイルからインポートする
    ImportByteArrayバイト配列からインポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ要素：
  • "Molecule"分子モデルの記号表現
    "Metadata"ファイルの結果を含むAssociation
  • 分子軌道エネルギーや占有等の結果は"Metadata"に保存される．
  • 計算結果は"Molecule"要素にも含まれる．結果を分子 mol から取り出すためには mol["MetaInformation"]を使用する．
  • ログファイルの三次元座標は分子のAtomCoordinatesオプション値に保存される．
  • インポートされた分子 mol からは mol["AtomCoordinates"]を使って座標が取り出せる．

例題

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例  (1)

Gaussianログファイルを分子としてインポートする：

分子を3Dで表示する：

双極子と軌道の情報は分子のMetaInformationに保存される：

スコープ  (2)

Gaussianログファイルによっては基準振動モードについての情報を含んでいる：

各モードにローレンツ(Lorentzian)曲線を仮定し，推定吸収スペクトルを計算してプロットする：

直交変位ベクトルを使って基準振動モードのアニメーションを作成する：

アニメーションを生成する関数を作る：

非対称塩素伸縮モードのアニメーション：

対称塩素伸縮モードのアニメーション：