NEXUS (.nex，.nxs)

予備知識

    • NEXUS系統生物学ファイル形式．
    • 一般に系統学データの保管と交換に使われる．
    • DNAおよびタンパク質配列，分類群間の距離，類似度，系統樹を保管することができる．
    • ASCII形式．
    • ユーザによる拡張が可能．
    • 1990年代に開発された．

ImportとExport

  • Import["file.nex"]はNEXUSファイルからDNAまたはタンパク質配列をインポートする．
  • Export["file.nex",expr]は配列または配列のリストをNEXUSファイルにエキスポートする．
  • Import["file.nex"]はファイルに保管されている配列を表す文字列のリストを返す．
  • Export["file.nex",str]はDNA配列またはタンパク質配列を表す文字列をNEXUSにエキスポートする．
  • Export["file.nex",{str1,str2,…}]は複数の配列をエキスポートする．
  • Import["file.nex", elem]はNEXUSファイルから指定の要素をインポートする．
  • Import["file.nex",{"elem","sub",…}]はサブ要素をインポートする．
  • Import["file.nex",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポート形式はImport["file","NEXUS"]またはImport["file",{"NEXUS",elem,…}]で指定できる．
  • Export["file.nex",expr,elem]は expr が要素 elem を指定するものとして扱って，NEXUSファイルを作成する．
  • Export["file.nex",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}]はそれぞれの expri が対応する elemi を指定するものとして扱う．
  • Export["file.nex",expr,opt1->val1,…]は指定されたオプションの要素が指定された値を取るものとして expr をエキスポートする．
  • Export["file.nex",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"]は規則を使ってエキスポートする要素を指定する．
  • ImportとExportについての一般情報は関数ページを参照のこと．
  • ImportStringとExportStringはNEXUS形式をサポートする．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Import, Exportファイルからインポートする，あるいはファイルへエキスポートする
    CloudImport, CloudExportクラウドオブジェクトからインポートする，あるいはクラウドオブジェクトへエキスポートする
    ImportString, ExportString文字列からインポートする，あるいは文字列へエキスポートする
    ImportByteArray, ExportByteArrayバイト配列からインポートする，あるいはバイト配列へエキスポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ表現要素：
  • "DistanceMatrix"数値行列として与えられる分類群間の距離
    "Sequence"文字列のリストとして与えられる配列
    "Taxa"分類群名
  • Importはデフォルトで"Sequence"要素を使用する．
  • その他のデータ要素：
  • "Data"リストに組み合された"Taxa"要素と"Sequence"要素
    "LabeledData"ファイルに保管された各分類群および配列の規則のリスト
  • Wolfram言語は核酸とアミノ酸については標準のIUB/IUPAC略記を使う．詳細は"FASTA"の関数ページを参照のこと．

例題

例  (6)

NEXUSファイルから配列データをインポートする：

分類群名と配列データを規則のリストとしてインポートする：

DNA配列をNEXUS形式にエキスポートする：

DNA配列と明示的な分類群名のペアをエキスポートする：

ファイルに保管されている分類群の名前と距離行列を返す：

分類群名と配列データをペアでインポートする：