NEXUS (.nex, .nxs)

背景

    • NEXUS 演化文件格式.
    • 常用于存储和交换演化数据.
    • 可用于存储 DNA 和蛋白序列、分类群距离、对齐谱线和系统发生树.
    • ASCII 格式.
    • 允许用户扩展.
    • 于20世纪90年代开发.

Import 与 Export

  • Import["file.nex"] 从一个 NEXUS 文件导入 DNA 或蛋白序列.
  • Export["file.nex",expr] 把一个序列或序列列表导出到 NEXUS 文件.
  • Import["file.nex"] 返回表示存储在文件中的序列的字符串列表.
  • Export["file.nex",str] 把表示 DNA 或蛋白序列的字母字符串导出到 NEXUS.
  • Export["file.nex",{str1,str2,…}] 导出多个序列.
  • Import["file.nex",elem] 从一个 NEXUS 文件导入指定的参数.
  • Import["file.nex",{"elem","sub",…}] 导入一个子参数.
  • Import["file.nex",{{elem1,elem2,…}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file","NEXUS"] 或 Import["file",{"NEXUS",elem,…}] 指定.
  • Export["file.nex",expr,elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 NEXUS 文件.
  • Export["file.nex",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}] 把每一个 expri 指定为相应的 elemi.
  • Export["file.nex",expr,opt1->val1,…] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.nex",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import, Export从文件导入或导出到文件
    CloudImport, CloudExport从云对象导入或导出到云对象
    ImportString, ExportString从字符串导入或导出到字符串
    ImportByteArray, ExportByteArray从字节数组导入或导出到字节数组

导入参数

  • Import 的通用参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 表示数据的参数：
  • "DistanceMatrix"分类群距离，以数值矩阵形式表示
    "Sequence"字符串列表形式表示的序列
    "Taxa"分类群名称
  • 默认情况下，Import 使用"Sequence"参数.
  • 其他数据参数：
  • "Data"组合成一个列表的"Taxa" 与 "Sequence" 参数
    "LabeledData"存储在文件中每个分类群和序列的规则列表
  • Wolfram 语言对于核酸和氨基酸使用标准的 IUB/IUPAC 缩写. "FASTA" 的详细信息请见参考页.

范例

基本范例  (6)

从一个 NEXUS 文件中导入序列数据：

以规则列表形式导入分类群的名称和序列数据：

把 DNA 序列导出为 NEXUS 格式：

导出一对具有明确分类群名称的 DNA 序列：

返回存储在文件中的分类群名称以及距离矩阵：

按对导入分类群名称和序列数据：