SFF (.sff)

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/seq-na-sff
    • SFF分子生物学形式．
    • DNA配列の保管と交換のための標準フローグラム形式．
    • 主に454 Life Sciences社のDNAパイロ配列決定用プラットフォームで使用される．
    • バイナリ形式．
    • 核酸の配列と塩基品質をそれぞれ文字列とリストとして保管する．
    • ファイルには配列決定についてのメタ情報が保管される．を表すために多くの表記方法が使われている．

Import

  • Import["file.sff"]はSFFファイルからDNA配列決定データをインポートする．
  • Import["file.sff"]はファイルに保管された配列決定データを表す配列を返す．
  • Import["file.sff",elem]はSFFファイルから指定の要素をインポートする．
  • Import["file.sff",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポート形式はImport["file","SFF"]またはImport["file",{"SFF",elem,…}]で指定できる．
  • Importについての一般的な全情報は関数ページを参照のこと．
  • ImportStringはSFF形式をサポートする．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Importファイルからインポートする
    CloudImportクラウドオブジェクトからインポートする
    ImportString文字列からファイルからインポートする
    ImportByteArrayバイト配列からインポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • ファイルのメタデータ：
  • "Header"規則のリストとして与えられるファイルヘッダ
    "XMLManifest"XMLオブジェクトとして表されるXMLマニフェスト
  • 配列決定リードのデータ表現要素：
  • "Sequence"文字列のリストで表されたDNA配列
    "Qualities"文字列のリストで表された塩基品質
    "FlowgramValues"リストのリストで表されたフローグラムの値
    "FlowIndexPerBase"リストのリストで表されたフロー指標値
    "ClipQualities"配列で表された，配列の品質トリミングの座標
    "ClipAdapter"配列で表された，配列のアダプタートリミングの座標
    "ReadName"文字列のリストで表されたリード名
  • その他のデータ要素：
  • "Data"リストに組み合された，データ表現要素
    "LabeledData"ファイルに保管された各配列の規則のリスト
  • ImportはデフォルトではSFF形式に"Data"要素を使用する．
  • Wolfram言語は核酸に標準IUB/IUPAC省略形を使用する：
  • Aアデノシン
    Cシチジン
    Gグアニン
    Tチミジン
    Uウラシル
    Rプリン（GまたはA）
    Yピリミジン（TまたはC）
    Kケトン（GまたはT）
    Mアミノ基（AまたはC）
    S強い相互作用（GまたはC）
    W弱い相互作用（AまたはT）
    BCまたはGまたはT
    DAまたはGまたはT
    HAまたはCまたはT
    VAまたはCまたはG
    N任意の核酸（AまたはCまたはGまたはT）
    -不明な長さのギャップ
  • Wolfram言語は塩基品質に整数を使用する．

例題

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例  (5)

サンプルSFFファイルからファイルヘッダを読み込む：

DNA配列を読み込む：

品質，フローグラム値等を含むDNA配列を読み込む：

ファイル内のリード名をインポートする：

配列の項目を名前で取り出す：

ファイル内の配列決定のXMLマニフェストを取り出し，解析名を抽出する：

スコープ  (3)

品質トリミング座標に基づいて配列をトリムする：

文字コードの品質スコアに64を加えてSFFファイルをFASTQに変換する：

フローグラム強度値をプロットする：