SMILES (.smi)

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/x-daylight-smiles
    • SMILES化学形式．
    • 化学分子の構造を表すのによく使われる．
    • SMILESはSimplified Molecular Input Line Entry Specificationの頭字語である．
    • 化学情報アプリケーションおよび化学データベースの中で化学式を表すのに使用される．
    • ASCII形式．
    • 線形表記法を使って，分子の結合性グラフを表示する．
    • 複数の分子のデータが保管できる．
    • 追加特性が同じ行にSMILES文字列として保存できる．
    • 1980年代にArthur WeiningerとDavid Weiningerによって開発された．

ImportとExport

  • Import["file.smi"]はSMILESファイルから分子のリストをインポートする．
  • Import["file.smi"]はSMILESデータをMoleculeに変換する．
  • Import["file.smi",elem]はSMILESから指定の要素をインポートする．
  • Import["file.smi",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポートの形式はImport["file","SMILES"]あるいはImport["file",{"SMILES",elem,…}]を使って指定することができる．
  • Export["file.smi",mol]は mol をMoleculeとしてSMILESファイルを作成する．
  • Export["file.smi",expr,elem]は expr が要素 elem を指定してるとしてSMILESファイルを作成する．
  • Export["file.smi",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}]は各 expri が対応する elemi を指定しているとして扱う．
  • Export["file.smi",expr,opt1->val1,…]は指定の値を持つ指定のオプション要素で expr をエキスポートする．
  • Export["file.smi",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"]は規則を使ってエキスポートする要素を指定する．
  • Importについての完全で一般的な情報は，関数ページを参照のこと．
  • ImportStringとExportStringSMILES形式をサポートする．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Import, Exportファイルからインポートする，あるいはファイルへエキスポートする
    CloudImport, CloudExportクラウドオブジェクトからインポートする，あるいはクラウドオブジェクトへエキスポートする
    ImportString, ExportString文字列からインポートする，あるいは文字列へエキスポートする
    ImportByteArray, ExportByteArrayバイト配列からインポートする，あるいはバイト配列へエキスポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ要素：
  • "Molecule"分子モデルの記号表現
    "Molecule", nn 番目の分子の記号表現
    "Metadata"ファイルからのメタデータを含むAssociation
    "Metadata", nn 番目の分子のメタデータ
  • ImportはSMILESから変換する際にデフォルトで"Molecule"要素を使う．
  • SMILES文字列はMoleculeで解釈される：
  • データ表現要素：
  • "EdgeRules"結合性データ（規則のリストとして与えられる）
    "EdgeTypes"文字列のリストとして与えられる結合の型
    "FormalCharges""VertexTypes"で与えられる原子電荷
    "VertexTypes"分子を構成するすべての原子あるいはグループ（通常，化学元素省略形のリストとして与えられる）

例題

例  (6)

カフェインのSMILES文字列をインポートする：

対応する化学実体を求める：

SMILESファイル文字列から分子のリストをインポートする：

分子のリストとメタ情報をインポートする：

メタデータは分子式の中に保存される：

分子のリストをSMILES文字列としてエキスポートする：

出力がデータ列を含むようにする：

メタデータに連想を使って見出し行を生成する：

水素原子を暗示的にしたままSMILES文字列からインポートする：

芳香族結合の検出を制御する：