SMILES (.smi)

背景

    • MIME 类型：chemical/x-daylight-smiles
    • SMILES 化学格式.
    • 常用于描述化学分子结构.
    • SMILES 是 Simplified Molecular Input Line Entry Specification（简化分子线性输入规范）的缩写.
    • 用于化学信息应用程序和化学数据库表示化学公式.
    • ASCII 格式.
    • 用于线性符号表示分子的连接图.
    • 可存储多个分子的数据.
    • 附件属性可以作为 SMILES 字符串存储于同一行.
    • 20世纪80年代由 Arthur Weininger 和 David Weininger 开发.

Import 与 Export

  • Import["file.smi"] 从 SMILES 文件中导入一个分子列表.
  • Import["file.smi"] 把 SMILES 数据转换成 Molecule.
  • Import["file.smi",elem] 从一个 SMILES 文件中导入指定的参数.
  • Import["file.smi",{{elem1,elem2,…}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file","SMILES"] 或 Import["file",{"SMILES",elem,…}] 指定.
  • Export["file.smi",mol] 通过将 mol 处理为 Molecule 创建一个 SMILES 文件.
  • Export["file.smi",expr,elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 SMILES 文件.
  • Export["file.smi",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}] 将每一个 expri 指定为相应的 elemi.
  • Export["file.smi",expr,opt1->val1,…] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.smi",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import, Export从文件导入或导出到文件
    CloudImport, CloudExport从云对象导入或导出到云对象
    ImportString, ExportString从字符串导入或导出到字符串
    ImportByteArray, ExportByteArray从字节数组导入或导出到字节数组

Import 参数

  • Import 的通用参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 数据参数：
  • "Molecule"分子模型的一个符号表示
    "Molecule", n第 n 个分子的一个符号表示
    "Metadata"包含文件中元数据的 Association
    "Metadata", n第 n 个分子的元数据
  • 默认情况下，当从 SMILES 转换，Import 使用"Molecule"参数.
  • SMILES 字符串由 Molecule 进行解释.
  • 表示数据的参数：
  • "EdgeRules"连接数据，以规则列表的列表形式给出
    "EdgeTypes"化学键类型，以字符串的列表的列表形式给出
    "FormalCharges"由 "VertexTypes" 给出的原子电荷
    "VertexTypes"所有组成分子的原子或基团，一般以化学元素的缩写列表表示

范例

基本范例  (6)

导入咖啡因的 SMILES 字符串：

找出对应的化学物实体：

从 SMILES 文件字符串中导入一个分子列表：

导入分子列表以及其元信息：

元数据存储于分子表达式中：

将分子列表导出为 SMILES 字符串：

在输出中包含数据列：

对元数据使用关联来生成开头行：

从 SMILES 导入，并保持氢原子隐式：

控制是否找到原子键：