在分子中添加一个原子：

添加一组原子：

在分子中添加一组键：

用分子的 3D 坐标来推断立体化学结构. 首先用原子、键和坐标创建一个分子，但没有定义立体化学信息：

从 "XYZ" 文件导入一个结构，并规范化三维坐标：

导入后，计算分子的质心和主轴：

"CanonicalizeAtomCoordinates" 将平移分子，将质心移动到原点，然后旋转以使主轴与直角坐标轴对齐：

当使用诸如 SMILES 字符串或名称之类的标识符创建分子时，不会立即计算坐标：

用 "ComputeAtomCoordinates" 计算坐标并将其保存在分子表达式中：

使用 RandomSeeding 选项生成不同的分子构象：

所得分子有不同的构象能：

当用 MoleculePlot 在二维空间可视化分子时，默认情况下，将与碳原子相连的氢原子隐藏起来. 默认情况下，在辛醇中只显示羟基氢：

"ComputeAtomDiagramCoordinates" 将移除那些未显示的氢，将显示出来的变为显式氢：

现在将坐标存储在分子表达式中：

由于默认情况下仅显示一个氢，因此返回的分子只有一个显式氢：

坐标与分子图中使用的坐标完全匹配：

计算原子结构图中的坐标，绘制三个图，显示默认氢原子，所有氢原子或不显示氢原子：

使用 "DeleteAtom" 将己醇转换为己烷：

找出匹配的 Entity：

删除原子时，与其相连的所有氢也将被去除，用隐式氢填充重原子上未填充的化合价. 通过 ValenceErrorHandling->False 可禁用此行为，留下未配对的电子：

删除非环状键以创建不相连的结构：

删除环键：

从 "XYZ" 文件中导入结构并使用 MMFF 力场最小化能量：

验证构象能变小了：

显示新的结构与旧的结构：

通常希望给出分子的一组构象，例如，对较大部分的能量分布进行采样. 为环己烷生成 100 个构象：

构象的能量分布很广：

在利用立场对构象进行最小化后，按能量分为两个组：

这样的分组对应于所谓的 "chair" 和 "twist-boat" 构象，分别为势能曲面的全局和局部最小值. 从每一组中选取一个构象，在三维空间进行绘制：

Show R-sec-butanol:

Invert it:

Check the chirality:

Atoms in rings can also be inverted. Invert one of the carbinol atoms of cis-cyclohexan-1,3-diol:

Check the chirality:

The configuration at the other carbinol has not changed:

Several atoms can be inverted at once. Show (-)-menthol:

Invert atoms 2 (bearing the hydroxyl group) and 9 (bearing the methyl group) to make (+)-neoisomenthol:

Check the chirality:

默认情况下，芳香族分子具有离域 "Aromatic" 键类型：

去除分子中的所有氢原子：

删除分子中明确的立体信息，使手性未定义：

改变分子中原子的顺序：

用不同的原子类型替换分子中的特定原子；例如，将乙酸转化为硫代乙酸：

用碳酰基取代雌二醇的脂肪族 D 环中的羟基以形成雌酮：

制备甘油的每种甲基醚：

将定域单键或双键转换为芳香键：

将 D-葡萄糖转化为 D-甘露糖：

导入一个分子，设置单个原子的坐标：

设置三个原子间的角度：

设置多个键角：

不能设置不成键的原子间的角度：

不能设置环中的键角：

设置两个成键原子间的距离：

将天然 E-肉桂醛转化为 Z-形式：

制作苯丙氨酸的兼性离子：

通过将质量数设置为 13，用  ¹³C 标记甲羟戊酸内酯的 C-2：

用 AtomList 找到标记的碳：

通过将质量数设置为 2，用氘标记甲羟戊酸内酯的 5-pro-S 氢：

通常，实验室对样品和笔记本使用复合编号系统，化学家在撰写内部报告、研究论文和专利时会使用这些标识号. 可使用分子的元信息来存储此类数据.

为分子添加元数据：

将实验数据保存到该属性中：

用空关联删除元数据：

将分子的几何结构设置为所需的构象，例如内部氢键：

通过修改水分子产生羟基自由基：

通过在空间中转换坐标创建分子的副本：

用 ReflectionTransform 创建分子的对映异构体：

Amines can be inverted:

Check the out-of-plane angle:

Check that the chirality at the chlorine-bearing carbon has not changed:

Spiro centers can be inverted:

Check the chirality at the spiro atom:

Check that the chirality has not changed elsewhere:

Ring fusion atoms with sufficiently large rings can be inverted:

Check the chirality:

Bridgehead atoms with sufficiently large rings can be inverted:

Invert the anomeric carbon of α-D-glucose:

Check that the stereochemistry at only atom 5 has changed:

Ring fusion atoms with small rings are not inverted:

Bridgehead atoms with small rings are not inverted:

Bridgehead atoms in tricyclic and larger ring systems are not inverted:

Pentacoordinate atoms cannot be inverted: