BioImageFormat (.nii, .img, .lif, .ome.tiff, ...)

予備知識

    • プロプライエタリな顕微鏡画像データとメタデータの読み取りをサポートする．
    • 160以上のファイル形式をサポートする．
    • ウィスコンシン大学マディソン校，ダンディー大学，Glencoe SoftwareのLOCIの開発チームを含む，Open Microscopy Environmentコンソーシアムによって開発された．
    • ライセンスと引用情報は OMEライセンスページ にある．

Import

  • Import["file.nii"] は，例えばNIfTIファイルをインポートして，画像のリストを返す．
  • Import["file.nii",elem] は指定された要素をインポートする．
  • インポート形式は Import["file"," BioImageFormat"] またはImport["file",{" BioImageFormat",elem,…}]で指定できる．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと：
  • Importファイルからインポートする
    CloudImportクラウドオブジェクトからインポートする
    ImportString文字列からインポートする
    ImportByteArrayバイト配列からインポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ表現要素：
  • {"ImageList",series}画像のリスト（デフォルトでは series=All）
  • 高度なImport要素：
  • "SeriesCount"ファイル中の一連のデータの数
  • メタデータ要素：
  • "OriginalMetaInformation"オリジナルのメタデータ
    "OMEXMLMetaInformation"OME-XML形式でのメタデータ
  • デフォルトの Import 要素は "ImageList"である．

例題

すべて開くすべて閉じる

例  (1)

NIfTIファイルをダウンロードする：

NIfTIファイルをインポートする：

スコープ  (1)

Leica LIFファイルをダウンロードする：

シリーズの数をインポートする：

デフォルトでは，全てのシリーズの画像がインポートされる：

シリーズの次元を確認する：

2番目のシリーズをインポートする：

Import要素  (1)

NIfTIファイルをダウンロードする：

オリジナルメタデータをインポートする：

OME-XMLメタデータをインポートする：