BioImageFormat (.nii, .img, .lif, .ome.tiff, ...)

背景

    • 支持读取专有的显微镜图像数据和元数据.
    • 支持 160 种以上的文件格式.
    • 由开放显微镜环境联盟开发，包括在 LOCI at the University of Wisconsin-Madison、University of Dundee 和 Glencoe Software 的开发团队. OME lice许可证页面（可能必须在协议对话框中显示）包含了许可证和引用信息.

Import

  • Import["file.nii"] 导入例如 NIfTI 文件并返回图像列表.
  • Import["file",elem] 导入指定参数.
  • 导入格式可用 Import["file"," BioImageFormat"] 或 Import["file",{" BioImageFormat",elem,…}] 格式指定.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import从文件导入
    CloudImport从云对象导入
    ImportString从字符串导入
    ImportByteArray从字节数组导入

Import 参数

  • Import 的通用参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 表示数据的参数：
  • {"ImageList",series}图像列表（默认 series=All）
  • 高级导入参数：
  • "SeriesCount"文件中的数据序列
  • 元数据参数：
  • "OriginalMetaInformation"原始元数据
    "OMEXMLMetaInformation"OME-XML 格式的元数据
  • 默认 Import 参数为 "ImageList".

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (1)

下载一个 NIfTI 文件：

导入一个 NIfTI 文件：

范围  (1)

下载一个 Leica LIF 文件：

导入数字序列：

默认情况下，导入图像中的所有序列：

查看序列维度：

导入第二个序列：

导入参数  (1)

下载一个 NIfTI 文件：

导入原始元数据：

导入 OME-XML 元数据：