Cube (.cub, .cube)

背景

    • MIME 类型：chemical/x-cube高斯立方体文件.
    • 用于电子结构程序在三维网格上存储轨道或密度值.
    • 纯文本格式.
    • 可以包含任意数量轨道的体数据.
    • 由 Gaussian, Inc. 维护

Import 与 Export

  • Import["file.cub"] 从 Cube 文件中导入分子列表.
  • Export["file.cub",expr] 将分子或分子列表导出到 Cube 文件.
  • Import["file.cub",elem] 从 Cube 文件中导入指定的元素.
  • Import["file.cub",{{elem1,elem2,…}}] 导入多个元素.
  • 可使用 Import["file","Cube"] 或 Import["file",{"Cube",elem,…}]指定导入格式.
  • Export["file.cub",mol] 从在其 MetaInformation 中包含 "VolumetricData" 键的分子中创建一个 Cube 文件.
  • Export["file.cub",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}] 将每个expri 视为指定对应 elemi.
  • Export["file.cub",expr,opt1->val1,…] 导出 expr，其中指定的选项元素被视为具有指定的值.
  • Export["file.cub",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"] 使用规则指定要导出的元素.
  • 创建多维数据集文件时，体积数据可以在分子表达式中作为 MetaInformation 或单独的元素提供给 Export.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import, Export从文件导入或导出到文件
    CloudImport, CloudExport从云对象导入或导出到云对象
    ImportString, ExportString从字符串导入或导出到字符串
    ImportByteArray, ExportByteArray从字节数组导入或导出到字节数组

Import 参数

  • 通用 Import 参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 数据参数：
  • "Molecule"分子模型的符号表示
    "VolumetricData"包含电子轨道信息的 Association
    "Graphics3D"三维图形，其中包含分子模型以及代表电子等值面的轮廓
  • "VolumetricData" 参数包含以下键：
  • "DataRange"边界框坐标列表 {{xmin,xmax},{ymin,ymax},{zmin,zmax}}
    "Data"用于指定网格上的轨道波函数或密度的值的三维阵列列表
    "OrbitalNumber"用于指定轨道的数值的可选列表

选项

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (3)

从 Cube 文件导入并绘制电子密度：

导入并绘制包含两个轨道的 Cube 文件：

从 Cube 文件中导入分子：

查找与分子的匹配 Entity ：

查找分子的 MetaInformation 中的体积数据：

将分子导出到 Cube 文件中：

导入参数  (1)

从 Cube 文件中导入两个分子轨道的体积数据：

导出参数  (1)

将分子和数据导出到 Cube 文件：

导入选项  (1)

指定轨道等值面的值和样式：

使用表面纹理：