BioMolecule

BioMolecule[…]

表示由生物聚合物链和相关配体分子组成的（通常较大的）生物分子.

BioMolecule[id]

返回与输入标识符 id 相关联的生物分子.

BioMolecule[BioSequence["Peptide",seq]]

尝试返回表示输入序列 seq 的折叠版本的生物分子.

BioMolecule[biomolpart]

返回由 biomol 的 part 部分组成的新生物分子.

更多信息和选项

  • BioMolecule[input] 总是被转换为最优表示，并被 AtomQ 等函数视为原始数据，以用于模式匹配.
  • 在 BioMolecule[id] 中，id 可以是以下形式之一：
  • ExternalIdentifier[type,id]外部标识符
    BioSequence["Peptide",seq]肽序列
    Entity["Protein",ent]蛋白质实体
    File[path]"PDB" 或 "MMCIF" 文件
  • BioMolecule 由一系列聚合物链（通常是肽、DNA 或 RNA）及相关配体和其他附近的分子组成.
  • BioMolecule 总是有坐标，这与表示生物聚合物一级结构的 BioSequence 不同.
  • BioMolecule 是一个有多层级结构的对象，其模型包含链，链中包含残基，而残基中包含原子. 模型表示同一生物分子的不同度量，其 3D 结构甚至原子数都会有所不同. 实验结构中的大多数生物分子只包含一个模型.
  • 链表示生物分子连接在一起的部分. 通常，每个生物聚合物是一条单独的链，每个配体分子是一条链，所有水分子都聚集在最后一条链中. 残基表示生物聚合物链中的单个单体，由具有 3D 坐标的单个原子组成.
  • 对于形式为 BioMolecule[biomolpart] 的输入，part 应为一个 Association，其键和默认值为：
  • "ModelNumber"1使用哪个模型
    "Chains"All包含哪些链
  • BioMolecule[…][prop] 返回生物分子的属性. 用 BioMoleculeValue[biomolpart,prop] 来获取 biomol 给定 part 的属性值.
  • 以下为常见属性：
  • "Name"生物分子的名称
    "BioSequence"类型为 "HybridStrand" 的 BioSequence
    "ModelCount"模型的数量（通常为一个）
    "Models"BioMolecule 对象列表，每个对象有一个模型
    "AssemblyCount"组装的数量
    "AssemblyData"组装的数据
    "Assemblies"BioMolecule 对象列表，每个对象有一个组装
    "CrystallographicSpaceGroup"晶体空间群
    "ComputedStructureQ"如果 biomol 是预测的结构，给出 True
    "PDBString"以 "PDB" 格式表示 biomol 的字符串
    "MMCIFString"以 "MMCIF" 格式表示 biomol 的字符串
  • 有些生物分子包含有关生物组装的信息，生物组装是分子的功能形. 这些组装通常不同于从晶体结构中解析出的不对称单元，通常表示生物分子链的二聚体、三聚体或其他复合物.
  • 要想从特定组装创建生物分子，请使用 BioMolecule[biomol<|"AssemblyNumber"n|>].
  • 以下属性适用于模型：
  • "ChainCount"链的数量
    "ChainLabels"链的标签的列表，如 {"A","B",…}
    "PolymerChainCount"聚合物链的数量
    "PolymerChainLabels"聚合物链标签的列表
    "ResidueCount"有链中的残基的数量
  • 以下属性适用于链，结果以 Association 形式返回，其中的键为链的标签：
  • "ResidueCounts"每条链的残基的数量
    "ResidueLabels"残基标签的列表，如 {"GLY","PRO",…}
    "ResidueIDs"数字标识符
    "AtomCounts"每条链上原子的数量
  • 以下属性适用于残基，结果以 Association 形式返回，其中，键为链的标签，值是列表的列表，每个残基一个：
  • "AtomicSymbols"原子的符号
    "AtomCoordinates"带单位的原子坐标，封装在 QuantityArray 中
    "AtomCoordianteValues"以埃为单位的原子数字坐标
    "AtomLabels"每个原子的标签，如 {"CA","CB",…}
  • BioMolecule[BioSequence[…]] 将尝试用选项 BioMoleculeFoldingMethod 指定的方法折叠给定的肽序列.

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (2)

根据 ExternalIdentifier 创建生物分子：

根据肽序列创建生物分子：

可视化预测的结构：

范围  (2)

根据 ExternalIdentifier 创建生物分子：

该生物分子有两个已定义的组装：

获取与组装相关的数据：

创建一个新的生物分子，表示第二个已定义的组装：

查看肽的所有不同模型：

可能存在的问题  (1)

有些 "Protein" 实体不能被转换为 BioMolecule：

Wolfram Research (2024)，BioMolecule，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMolecule.html.

文本

Wolfram Research (2024)，BioMolecule，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMolecule.html.

CMS

Wolfram 语言. 2024. "BioMolecule." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMolecule.html.

APA

Wolfram 语言. (2024). BioMolecule. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMolecule.html 年

BibTeX

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