StereochemistryElements

StereochemistryElements

Moleculeのオプションで，分子中の原子の局所的立体化学配置を指定する．

詳細

  • オプション値は原子または結合の周りの局所配置を説明するが，絶対立体化学（例：立体中心の"R"または"S"）は指定しない．
  • StereochemistryElementsの値は，二次元構造図の生成と分子の三次元への埋込みに使われる．
  • StereochemistryElementsオプションの値は，特性名"StereochemistryElements"を使ってMoleculeValueを介して分子から得ることができる．
  • 元素は，"StereoType"キーがある連想のリストとして入力される．
  • 次は，"StereoType"の可能な値である．
  • "Tetrahedral"原子の立体中心
    "DoubleBond"非回転結合の周りの幾何異性
  • "Tetrahedral"立体要素については，次のキーがサポートされている．
  • "ChiralCenter"キラル中心の原子インデックス
    "FiducialAtom"キラル中心に結合された参照原子のインデックス
    "Ligands"キラル中心に結合された残りの3つの原子のインデックスリスト
    "Direction""Clockwise"または"Counterclockwise"
  • 基準原子からキラル中心へのベクトルに沿って配位原子を見るときは，指定された方向によって順序が与えられる．
  • キラル中心は暗黙の水素を含んでいることがある．その場合は，"Ligands"リストには2つの原子しか含まれず，水素はリストの最後にあるものとみなされる．
  • "DoubleBond"立体要素については，次のキーがサポートされている．
  • "StereoBond"間に二重結合がある，2つの原子インデックのリスト
    "Ligands"2つの原子インデックスのリスト
    "Value""Together"または"Opposite"
  • 配位原子リスト内の2つの原子は二重結合の2つの原子に結合されていなければならない．
  • 値が"Together"のとき，2つの配位原子は二重結合の同じ側にある．"Opposite"は原子が反対側に置かれるように指定する．
  • MoleculeMatchQは，異なる立体化学の分子に対してFalseを返す．

例題

例  (2)

キラル中心のある分子を作る：

次に，その光学異性体を作る：

キラリティは，"SMILES"識別子と"InChI"識別子に反映される：

二重結合の周りの定義された配置で分子を作る：

次に，その幾何異性体を作る：

この配置は，"SMILES"識別子と"InChI"識別子に反映される：

Wolfram Research (2019), StereochemistryElements, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/StereochemistryElements.html.

テキスト

Wolfram Research (2019), StereochemistryElements, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/StereochemistryElements.html.

CMS

Wolfram Language. 2019. "StereochemistryElements." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/StereochemistryElements.html.

APA

Wolfram Language. (2019). StereochemistryElements. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/StereochemistryElements.html

BibTeX

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