MMCIF (.cif)

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/x-cif，chemical/x-mmcif
    • 3次元分子構造モデルファイル．
    • 3D分子モデルの格納と交換のために化学情報(cheminformatics)アプリケーションとWebで使われている．
    • 一般にPDB形式の代替として使用される．
    • mmCIFはMacromolecular Crystallographic Information Fileからの頭字語である．
    • CIFファイル形式から派生した．
    • プレーンテキスト形式．
    • 1990年から1997年の間に国際結晶学連合(International Union of Crystallography)において開発された．

Import

  • Import["file.cif","MMCIF"]は，mmCIFファイルを読み込み，分子の定型化されたレンダリングを返す．
  • Wolfram言語は高分子のためのさまざまな3次元レンダリングのスタイルを提供する．
  • Import["file.cif","MMCIF"]はGraphics3Dオブジェクトを返す．
  • Import["file.cif",{"MMCIF",elem}]は指定された要素をMMCIFファイルからインポートする．
  • Import["file.cif",{"MMCIF",elem,suba,subb,…}]はサブ要素をインポートする．
  • Import["file.cif",{"MMCIF"{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • Importについての完全な一般情報は，関数ページを参照のこと．
  • ImportStringはmmCIF形式をサポートする．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Importファイルからインポートする
    CloudImportクラウドオブジェクトからインポートする
    ImportString文字列からファイルからインポートする
    ImportByteArrayバイト配列からインポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • グラフィックス要素：
  • "Graphics3D"Graphics3Dオブジェクトとして描画されたmmCIFファイル
  • Importは，"Graphics3D"要素をデフォルトでmmCIF形式に使用する．
  • データ表現要素：
  • "Residues"3文字短縮形の配列としての残基列
    "Sequence"文字列のリストとして与えられる残基列
    "ResidueAtoms"残留原子のリスト
    "ResidueChainLabels"鎖ラベルのリスト
    "ResidueRoles"残留原子の機能的役割
    "ResidueCoordinates"残留原子の3次元座標
    "Resolution"模型座標の空間分解能（ピコメーターで）
    "AdditionalAtoms"鎖の構成要素ではない原子
    "AdditionalCoordinates"付加原子の3次元座標
    "AdditionalResidues"3文字省略形の配列としての追加的な残基列
    "SecondaryStructure"鎖の大規模な構造を表現する規則
    "VertexCoordinates"原子座標（通常ピコメーターで与えられる）
    "VertexTypes"分子を構成しているすべての原子あるいはグループ（通常化学要素の省略形のリストとして与えられる）
  • 1つかそれ以上の残基が欠けている不完全な鎖をmmCIFから読み込む場合は，Wolfram言語はそれを個々の部分鎖の列として表示する．
  • Wolfram言語はアミノ酸残基に標準のIUB/IUPAC短縮形を使用する．
  • 同じ分子の複数の3次元模型を表現するmmCIFファイルをインポートする際には，全模型の形状を読み込むために以下のImport 要素を使うことができる：
  • "ResidueCoordinatesList"それぞれの模型についての残基座標
    "AdditionalCoordinatesList"それぞれの模型についての付加原子の3次元座標
    "VertexCoordinatesList"それぞれの模型についての原子座標（通常ピコメーターで与えられる）
  • メタ情報要素：
  • "Authors"ファイルで参照される著者情報
    "DepositionDate"いつファイルがデータベースに加えられたか
    "PDBClassification"ファイルヘッダからのPDB分類
    "PDBIDPDBの構造識別文字列
    "References"書誌参照（規則のリストとして与えられる）
    "Title"ドキュメントタイトル

オプション

  • 一般的なレンダリングオプション：
  • ImageSizeAutomatic表示するグラフィックスの全体的な大きさを指定する
    BackgroundWhiteどの背景色を使うかを指定する
    ColorFunctionAutomatic二次構造の可視化の色付けを決定するために適用する関数
    ViewPointAutomatic3次元模型を見る空間内の視点
  • デフォルト設定のViewPoint->Automaticで，Wolfram言語はインポートされた分子模型を見るのに最適な角度を自動的に計算する．
  • レンダリングスタイルを選択する：
  • "Rendering""Structure"可視化メソッドを指定する
  • "Rendering"に可能な設定：
  • "BallAndStick"原子と結合を玉と棒の模型として表示する
    "Structure"タンパク質骨格の定型化されたレンダリング
    "Spacefilling"重なり合う球として表示された原子
    "Wireframe"線として描画された結合

例題

例  (2)

mmCIFファイルをインポートする：

使用できるすべてのImport要素の名前を表示する：

このmmCIFファイルから参照情報を読み込む：

アミノ酸配列を文字列としてインポートする：

サンプルファイルで使用できるImport要素を表示する：