MMCIF (.cif)

背景

    • MIME 类型：chemical/x-cif, chemical/x-mmcif
    • 三维分子模型文件.
    • 用于化学信息应用程序以及用于存储和交换分子模型的网页.
    • 常用作 PDB 格式的替代.
    • mmCIF 是 Macromolecular Crystallographic Information File（大分子晶体学信息文件）的缩写.
    • 来自于 CIF 文件格式.
    • 纯文本格式.
    • 存储大生物分子，例如蛋白质与核酸等的结构信息.
    • 在1990与1997年间由国际晶体学联盟（International Union of Crystallography）开发.

Import

  • Import["file.cif","MMCIF"] 读取一个 mmCIF 文件并返回分子的程式化渲染.
  • Wolfram 语言对高分子提供各种三维渲染样式.
  • Import["file.cif","MMCIF"] 返回一个 Graphics3D 对象.
  • Import["file.cif",{"MMCIF",elem}] 从 MMCIF 文件中导入指定的参数.
  • Import["file.cif",{"MMCIF",elem,suba,subb,…}] 导入一个子参数.
  • Import["file.cif",{"MMCIF"{elem1,elem2,…}}] 导入多个参数.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import从文件导入
    CloudImport从云对象导入
    ImportString从字符串导入
    ImportByteArray从字节数组导入

导入参数

  • Import 通用参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 图形参数：
  • "Graphics3D"mmCIF 文件渲染为一个 Graphics3D 对象
  • 默认情况下，对于 mmCIF 格式，Import 使用"Graphics3D"参数.
  • 表示数据的参数：
  • "Residues"以三个字母缩写数组表示的残基序列
    "Sequence"以字符串列表形式表示的残基序列
    "ResidueAtoms"残基原子列表
    "ResidueChainLabels"链标签列表
    "ResidueRoles"残基原子的功能角色
    "ResidueCoordinates"残基原子的三维坐标
    "Resolution"模型坐标的空间分辨率，以皮米为单位
    "AdditionalAtoms"不是链的成分的原子
    "AdditionalCoordinates"附加原子的三维坐标
    "AdditionalResidues"以三个字母缩写数组表示的附加残基序列
    "SecondaryStructure"描写一条链的大型结构的规则
    "VertexCoordinates"原子坐标，一般以皮米为单位
    "VertexTypes"构成分子的所有原子或基团，一般以化学元素缩写的列表形式表示
  • 当从 mmCIF 读取一个不完全的链，其缺少一个或多个残基，Wolfram 语言将以单个子链的序列表示它.
  • Wolfram 语言对氨基酸残基使用标准的 IUB/IUPAC.
  • 当导入一个用多个三维模型描述同样分子的 mmCIF 文件时，可以使用以下 Import 参数读取所有模型的几何形状：
  • "ResidueCoordinatesList"每个模型的残基坐标
    "AdditionalCoordinatesList"每个模型附加原子的三维坐标
    "VertexCoordinatesList"每个模型的原子坐标，一般以皮米为单位
  • 元信息参数：
  • "Authors"文件中引用的作者信息
    "DepositionDate"文件是什么时候加入数据库的
    "PDBClassification"文件头的 PDB 分类
    "PDBIDPDB 结构识别字符串
    "References"以规则列表形式给出的书目参考
    "Title"文档标题

选项

  • 通用渲染选项：
  • ImageSizeAutomatic指定图形显示的整体尺寸
    BackgroundWhite指定使用何种背景颜色
    ColorFunctionAutomatic确定二级结构可视化颜色的函数
    ViewPointAutomatic观看三维模型的空间点
  • 默认设置为 ViewPoint->Automatic，Wolfram 语言自动计算导入分子模型的最优观察角度.
  • 选择一个渲染样式：
  • "Rendering""Structure"指定可视化方法
  • "Rendering"可能的设置为：
  • "BallAndStick"以球棍模型显示原子和化学键
    "Structure"蛋白质骨架的程式化渲染
    "Spacefilling"显示为重叠球的原子
    "Wireframe"以线渲染的的化学键

范例

基本范例  (2)

导入一个 mmCIF 文件：

显示所有可用 Import 参数的名称：

从该 mmCIF 文件中读取参考信息：

以字符串形式导入氨基酸序列：

显示在样本文件中可用的 Import 参数：