BioMoleculePlot3D

BioMoleculePlot3D[biomol]

生体分子 biomol の三次元グラフィックスを作成する．

BioMoleculePlot3D[biomolpart]

biomol の部分 part だけを示す．

詳細とオプション

  • BioMoleculePlot3DはGraphics3D式を返す．
  • biomol は，BioMoleculeオブジェクト，またはExternalIdentifier，ペプチドBioSequence，"Protein" Entity等のオブジェクトに直接変換できるオブジェクトでよい．
  • BioMoleculePlot3D[biomolpart]の形式の入力の part は，キーとデフォルト値が以下で与えられるAssociationでなければならない．
  • "ModelNumber"1使用するモデル
    "Chains"All含める鎖
  • 生体分子の中には生物学的アセンブリについての情報（分子の機能形態）を含むものがある．これらのアセンブリはさまざまなチェーンの組合せと幾何学的変換を特徴として持つ．生物学的アセンブリの番号 n を効率的にプロットしたい場合はBioMoleculePlot3D[biomol<|"AssemblyNumber"n|>]を使うとよい．
  • BioMoleculePlot3Dには，Graphics3Dと同じオプションに以下の追加・変更を加えたものが使える． [全オプションのリスト]
  • BoxedFalse境界ボックスを描くかどうか
    ColorRules Automatic鎖の彩色規則
    PlotLegends None鎖の彩色の凡例
    PlotStyle Automaticすべての鎖の全体的なスタイル
    PlotTheme$PlotThemeプロットの全体的なテーマ
  • ポリペプチド，DNA，RNA等のポリマー鎖は，ポリマー骨格を管として示し，螺線，シート，核酸リング等のさまざまな二次構造を示す漫画表現を使用して表示される．
  • biomol のポリマー鎖の一部ではない，リガンドとして知られる切断された成分は，MoleculePlot3Dにおけるのと同じように表示される．
  • 次は，ColorRulesのよく使われる設定である．
  • Automatic鎖に自動的に彩色する
    {"ai"coli,…}ラベル aiに coliを使って鎖に彩色する
    {"Residues","resi"coli,…}残基の名前で彩色する
  • biomol の鎖のラベルのリストについては，BioMoleculeValue[biomol,"PolymerChainLabels"]を使う．
  • biomol の残基の名前のリストについては，BioMoleculeValue[biomol,"ResidueNames"]を使う．
  • 次は，サポートされるプロットテーマである．
  • "Ribbons"ポリマー鎖をリボンとして表示する
    "Backbone"ポリマー鎖をリボンとして表示する
    "SolventAccessibleSurface"溶剤が浸透しやすい表面
    "GaussianSurface"ガウス面
    "VanDerWaalsSurface"van der Waals面
    "BallAndStick"原子と結合をSphereプリミティブとCylinderプリミティブを使って表示する
    "Tubes"結合を原子なしの管として表示する
    "Spacefilling"原子はvan der Waals半径に一致する半径を持つ球で表される
  • PlotLegendsのタイプセットには以下がある．
  • None凡例なし
    Automatic凡例を自動的に決定する
    Placed[lspec,…]凡例の置き方を指定する

    • 全オプションのリスト

例題

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例  (2)

ExternalIdentifierから生体分子を作成する：

最初の鎖だけをプロットする：

ガウス面表現を使って生体分子を見る：

スコープ  (1)

アルファ螺旋のリボンダイアグラムを全原子表現で示す：

オプション  (4)

ColorRules  (2)

ColorRulesを使ってポリマー鎖のスタイリングを制御する．この例は，4つの鎖に明示的な色を，その他のすべての鎖にデフォルトの色を与えている：

鎖の代りに残基で彩色する場合はColorRules"Residues"を使う：

異なる4つ残基に特定の色を指定し，その他のすべての残基にデフォルト色を指定する：

PlotStyle  (1)

すべてのポリマー鎖に適用する全体的なスタイルを指定する：

PlotLegends  (1)

鎖の色を示す自動生成された凡例を使用する：

凡例の位置を指定する：

凡例のオプションを指定する：

Wolfram Research (2024), BioMoleculePlot3D, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculePlot3D.html.

テキスト

Wolfram Research (2024), BioMoleculePlot3D, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculePlot3D.html.

CMS

Wolfram Language. 2024. "BioMoleculePlot3D." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculePlot3D.html.

APA

Wolfram Language. (2024). BioMoleculePlot3D. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculePlot3D.html

BibTeX

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BibLaTeX

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